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python计算矩阵SVD要计算一个矩阵的奇异值分解（SVD）并得到对角矩阵 ，以及正交矩阵，可以使用如 NumPy 这样的科学计算库。NumPy 提供了一个 np.li...
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SEACells 代码学习 （2）
Archetypal Analysis 是一种用于数据分析的技术，它旨在找出数据集中的“极端类型”或“原型”（archetypes），并将每个数...
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SEACells 代码学习 （1）
来自：SEACells infers transcriptional and epigenomic cellular states from s...
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输出Matrix Market Format的文件
Matrix Market FormatMatrix Market格式是一种标准的文本文件格式，用于存储和描述稀疏和稠密矩阵。在稀疏矩阵的情况下...
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单细胞，根据bam文件进行quantification
这里我们关注到： 这段代码的功能是： 检查 gene 是否已经在 gene_count_dict[sub_prop] 字典中。如果不在，为这个基...
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学习写python包-训练模型（scimilarity不使用pytorch lightning）
要使用纯 PyTorch 训练模型，而不是依赖于 PyTorch Lightning，需要手动实现训练循环、验证、测试步骤以及优化器的配置。 准...
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学习写python包——data_models.py
scDataset 类 这段代码定义了 scDataset 类，它是一个用于表示单细胞数据集的 Python 类。这个类继承自 torch.ut...
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学习写python包——scimilarity作为参考
要学习如何训练一个模型，特别是在指定的 scimilarity 项目中，首先需要了解项目的整体结构和每个文件的作用。以下是一个推荐的学习顺序，以...