1、在overleaf[https://www.overleaf.com/]中新建一个references.bib文件，用于保存参考文献列表 2、使用 获取bibtex格式引...
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Overleaf——使用 bibtex 批量生成 bibitem 内容 -
python计算矩阵SVD要计算一个矩阵的奇异值分解（SVD）并得到对角矩阵 ，以及正交矩阵，可以使用如 NumPy 这样的科学计算库。NumPy 提供了一个 np.linalg.svd 函数，它能够...
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SEACells 代码学习 （2）
Archetypal Analysis 是一种用于数据分析的技术，它旨在找出数据集中的“极端类型”或“原型”（archetypes），并将每个数据点表示为这些原型的混合或组合...
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SEACells 代码学习 （1）
来自：SEACells infers transcriptional and epigenomic cellular states from single-cell geno...
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输出Matrix Market Format的文件
Matrix Market FormatMatrix Market格式是一种标准的文本文件格式，用于存储和描述稀疏和稠密矩阵。在稀疏矩阵的情况下，每个非零元素由其行索引、列索...
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单细胞，根据bam文件进行quantification
这里我们关注到： 这段代码的功能是： 检查 gene 是否已经在 gene_count_dict[sub_prop] 字典中。如果不在，为这个基因创建一个新的空字典。然后，使...
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学习写python包-训练模型（scimilarity不使用pytorch lightning）
要使用纯 PyTorch 训练模型，而不是依赖于 PyTorch Lightning，需要手动实现训练循环、验证、测试步骤以及优化器的配置。 准备数据集和数据加载器（Data...
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学习写python包——data_models.py
scDataset 类 这段代码定义了 scDataset 类，它是一个用于表示单细胞数据集的 Python 类。这个类继承自 torch.utils.data.Datase...
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学习写python包——scimilarity作为参考
要学习如何训练一个模型，特别是在指定的 scimilarity 项目中，首先需要了解项目的整体结构和每个文件的作用。以下是一个推荐的学习顺序，以及每个文件可能扮演的角色： i...
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学习写python包__init__.py
导入模块和检查 Python 版本 这部分代码首先导入了 subprocess 和 sys 模块。subprocess 用于执行外部进程，而 sys 提供了访问与 Pytho...
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构建一个简单的pytorch数据迭代器
摘抄自dive into dpl。 这个 load_array 函数是用于在PyTorch中创建数据加载器（DataLoader）的实用函数。它将数据数组（例如特征和标签）转...
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什么时候使用.backward()
在PyTorch中，.backward() 方法用于计算梯度，这是神经网络训练中的关键步骤。以下是何时可以使用 .backward() 以及其工作原理的解释： 何时可以使用 ...
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tidyverse学习
dplyr Here is the complete list of functions dplyr offers:select(): Select columns from...
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@小七_f535 一般不会呀，An MA-plot is a plot of log-intensity ratios (M-values) versus log-intensity averages (A-values). See Ritchie et al (2015) for a brief historical review. 计算公式是不一样的。
11.5-9 RNA-seq 数据差异基因的得到和可视化学习（一）
很倒霉，电脑坏了。之前未完成的rna-seq数据下载和mcscan不能继续进行了。 最近要在网上直接下载rna-seq的txt数据，所以主要学习一下如何挑选出差异基因，之后进...
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UpSetR：集合可视化神包对于集合的可视化，第一时间想到的都是韦恩图（venn diagram），一般集合不超过5个的时候，可视化效果还是不错的 但是一旦数据集增加，比如说五个的时候，你就很难从图中解...
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创建transcript to gene mapping file
使用bioconductor会很简单。我们只需要： 之后就可以在salmon，kallisto等软件中使用啦。 但是，得到的文件可能并不是和我们在ensemble上下载的gt...
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单细胞测序CITE-seq cell hashing
Cell hashing是一种在单细胞rna测序平台上实现样本多线程和超负载的方法，由纽约基因组中心的技术创新实验室与Satija实验室合作开发。 Cell Hashing ...
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一些linux命令行学习
1 less more 命令， cat vim 命令也可以查看文本2 grep -B指定输出包括匹配到的前多少行，比如 -B1就是前一行； -A指定输出包括匹配到的后多少行...
