IP属地：广东
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2025-12-01
1.基本逻辑是利用orthofinder进行全基因组水平家族基因鉴定（cafe5需要的输入文件1，需要格式转化）和物种进化树分析； 2.基于or...
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2025-11-24从fasta和gff文件中提取gDNA
1.从gff2bed awk'$3=="gene" {print $1 "\t" $4-1 "\t" $5 "\t" $9 "\t0\t" $7...
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2025-08-26提取最长转录本2
1.先提取最长转录本gff（conda install -c bioconda agat -y） perl ~/miniconda3/bin/a...
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2025-07-1学习vg使用1. 序列比对到图基因组 vg map -m short -t 24 -x graph.xg -g graph.gcsa -f Sample40...
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2025-07-04obsutil 下载华为云数据
下载文件夹： /public/home/kongweilong/Biosofts/obsutil/obsutil share-cp https:...
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2025-07-02提取转录本CDS、UTR序列
https://www.jianshu.com/p/d1d8d59f61fe
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2025-04-11GWAS显著位点选择
确定阈值分为了不同的流派。 第一种方法，Bonferroni矫正 这种方法应用最多，一般是N表示参与分析的SNP的个数，阈值可以是： * 1/N...
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2024-09-27通过拟合线性回归模型lm()实现代谢组数据和转录组数据的简单关联
1. 代谢组数据示例（test_meta.txt） SampleID mws1401 A13 0.00 A16 0.00 A7 0.00 A17...
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2024-08-07 从bam文件中calling特定基因区段的SNP变异
gatk --java-options "-Xmx185g -Djava.io.tmpdir=./tmp" HaplotypeCaller -R...