2024-08-07 从bam文件中calling特定基因区段的SNP变异

gatk --java-options "-Xmx185g -Djava.io.tmpdir=./tmp" HaplotypeCaller -R /public/home/kongweilong/Data/reference.fasta -I S100.realigned.bam -L Chr07:84511890-84512290 -O S100.vcf

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