确定阈值分为了不同的流派。
第一种方法，Bonferroni矫正
这种方法应用最多，一般是N表示参与分析的SNP的个数，阈值可以是：
* 1/N
* 0.05/N
* 0.01/N
文章中前两种用得较多，这种方法比较严格，有时候1/N也没有显著性位点，这时候，可以考虑降低N的个数。
第二种方法，降低N的个数
由于SNP之间有连锁，可以通过LD筛选，用剩余SNP作为N，从而达到降低阈值的目的，比如使用plink命令 --indep-pairwise 50 10 0.2筛选LD，用剩余的位点作为N，来计算阈值。
第三种方法，置换检验（permutation）
该方法通过置换检验，比如1000次置换检验，然后将最小值排序，选择5%的值作为阈值，该方法从数学角度应该是更合理的方法，具体操作：
a1 正常进行GWAS分析，得到P值结果
a2 将表型数据随机排列，比如排列1000次，得到1000个数据集
a3 对1000个数据集进行gwas分析，得到P值
a4 对P值提取最小的值，得到1000个值，选择5%的值作为阈值
所以，可以通过第二种解决问题，也是比较简单的方法。
参考：https://mp.weixin.qq.com/s/rcZHgFQ-WcYjnuKfvSf48Q
