2025-11-24从fasta和gff文件中提取gDNA

1.从gff2bed

awk'$3=="gene" {print $1 "\t" $4-1 "\t" $5 "\t" $9 "\t0\t" $7}' hap1.gff3 > hap1.genes.bed

2.基于bed文件，利用bedtools提取基因gDNA序列

bedtools getfasta -fi hap1.fa -bed hap1.genes.1000.1.bed -fo hap1.genes.gdna.fasta -name -s

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