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    Seurat | 分析百万细胞不是梦

      前面体验过presto包赋能Seurat在大数据集做差异分析的提升,详情见Seurat | 解决了FindAllMarkers在大数据集上的...

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    screen | 交互式命令也可以防挂断,实用又能装

      远程使用服务器资源的时候,运行任务通常都是提交给集群统一调度。但有时候也会选择本地化执行,如果这个任务需要运行很长的时间,一般会使用nohu...

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    多分类两分组的交集差集可视化,简洁又恰到好处

      两分组的交集差集可视化最常用的方法就是韦恩图,复杂点如果分组超过5组可以换成upset图展示。虽然也是两分组,但如果有多个分类时韦恩图就不是...

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    自学资源 | 生信计算机基础,数据处理纵享丝滑

      虽然目前有很多语言模型可以替代人工写代码,但并不总是可以直接复制可用,有时候还是需要人工修改以完善可用。拥有学习能力,数据处理并没有会与不会...

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    Seurat | 解决了FindAllMarkers在大数据集上的速度短板

      Seurat作为知名的单细胞数据分析框架,虽然很好用,但在大数据集一直存在速度上的短板,尤其在FindAllMarkers。所以其一直也在试...

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    收藏几个单细胞可视化包

    好看的图当然会锦上添花,单细胞美化的包很多,也各有特色,不妨收藏几个,方便以后事半功倍地画出漂亮的图。 scplotter[https://pw...

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    让scale给整不会了

      数据处理时经常需要做各种处理,如标准化和归一化,在R里面可以借助scale函数来轻松完成。默认情况下,该函数做的事情可以用下面的公式概括:其...

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    pheatmap依然是做热图的首选

      每当需要做热图的时候,首先想到就是pheatmap。记不清啥时候第一次使用该包了,但从那以后这就是画热图的第一选择了,因为无论是功能,还是颜...

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    FeaturePlot 对负值并不友好

      Seurat的FeaturePlot可以展示基因在降维空间里各个分群的表达情况,也可以展示metadata里面的数据情况,例如基因集打分情况...

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