endplot算是自己对END-seq数据分析工作的总结和理解。END-seq并不像single-cell广为人知，网上可用的资源满天飞。学习新技术阅读一手的文献必不可少...
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NC结果复现 | 可视化R包endplot开发测试 -
STAMP使用小技巧 | 空转的可解释性空间感知降维STAMP (Spatial Transcriptomics Analysis with topic Modeling to uncover spatial Patterns...
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MultiQC高级用法：生成自定义报告MultiQC作为NGS数据QC报告的整合工具，目前已支持165个生信工具的报告整合，一键就可以轻轻松松将多样本的QC结果整合起来并生成网页报告，不仅省时省力还方便查看，解决...
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CytoTRACE2：细胞分化潜能的预测效果不错CytoTRACE2是一个新颖的深度学习框架，旨在处理单细胞潜能评估的复杂性，同时实现直接的生物学可解释性。该框架的核心是一组基因集二进制网络 (Gene Set Binar...
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Seurat用来分析bulkRNA，这就是降维打击Seurat作为知名的单细胞数据软件，真的是非常棒，让分析过程变得简洁高效，无需花费很多的学习成本便可以上手。虽然该软件是为单细胞数据设计而来，但也不妨碍用来分析bulkRN...
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利用数据库的marker手动注释细胞类型单细胞分析前期很重要的一步是细胞类型注释，这一步看似很简单，有时候做起来却是最耗时的一步。如果数据很好，用经典的或者文献里的marker很轻松就可以定义出细胞类型，此时这一步...
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cellrank v1/2 | 细胞分化轨迹推断，scanpy团队出品CellRank是由出品scanpy的Fabian J. Theis 团队开发的单细胞轨迹分析工具，主要用于推断细胞命运的动态变化。传统轨迹推断 (trajectory in...
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scanpy差异结果哪里出了问题
用scanpy做差异分析的时候，发现一个奇怪的现象，如果指定了reference参数，即使设置了pts参数来计算基因的在细胞群里面的表达比例，当提取差异结果的时候会发现并没有...
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bwa mem 迷一般的参数最近被bwa-mem -T参数搞迷糊了，不明白这个参数是如何发挥效用的。根据软件帮助文档对参数的描述，可知其功能是过滤输出结果，于是乎想当然地觉得它的作用是过滤掉alignm...
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kallisto原理的图文详解，通俗易懂的专业内容最具吸引力看到一篇关于kallisto软件原理的文章，内容通过图文的形式详细地介绍了软件的工作原理，让读者能够直观地理解以便更好地使用软件，内容通俗易懂值得学习与分享。内容如下： ka...
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telomere length and content estimating端粒是位于染色体末端的DNA的非编码重复序列，就像安全帽一样，保护着基因组。在人体细胞中，其初始长度为8-15kb，每复制一次，其长度便会减少50-200bp。当端粒长度达到...
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cnvkit分析CNV，batch真的好用
最近需要分析CNV，所以学习了一下cnvkit软件。不得不说，软件的文档写得真的很详细，能够感受到给予使用者的满满诚意。无论是最新的文档，还是网上相关的帖子，都会看到下面的这...
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CADD遗传变异打分，有害性的综合评估CADD (Combined Annotation–Dependent Depletion) 是一种基于 logistic 回归模型的评分系统，用于预测人类基因组中遗传变异的...
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MSI分析工具如何选择，最好的原来是它微卫星 (Microsatellite) 通常由1-6个碱基为重复单元串联重复很多次形成，其位点遍布于基因组。在 DNA 复制负责错配修复 (MMR) 基因的功能存在缺陷时，...
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manta分析SV的结果有点懵染色体SV (Structural Variation)变异包含Insertion、Deletion、Duplication、Inversions、Translocation...
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annovar好用却又不完全会用
annovar作为老牌变异注释软件，用起来还是挺方便的，速度也挺快，可以输出txt格式的结果，是一个不错的选择。支持的输入格式有pileup、cg、cgmastervar、g...
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一文读懂SV检测软件Manta的结果文件Manta输出VCF文件 Manta运行完毕后，将在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目录下输出一组VCF格式的结果文件。 如果...
