生信云笔记

Biomni一个登上主刊的通用型生物医学智能体，核心原理是构建一个“通用型生物医学AI代理”，其设计围绕两大支柱：一个统一的生物医学操作空间和一个灵活的通用型代理架构。 简单...

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pyscenic做转录因子分析时，GRN是限速步骤，数据大点就很耽误时间。此时，RegDiffusion就是一个加速选择。 以往从表达数据中推断GRN的方法常常难以应对数据的...

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基因调控网络 (GRNs) 对于理解基因如何协调细胞过程至关重要。如今大规模的单细胞扰动研究为GRNs推断提供了机遇，但目前许多方法未能充分利用干预信息。因此，作者提出了PS...

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scGPT关于细胞类型注释的预训练模型微调的文档内容详细而系统，但对于使用来说有点复杂，看着让人眼花缭乱。这样整个过程摊开在使用者面前，虽然调整的自由度很高，但也同时增加了复...

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scGPT 分析基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN) 的核心思路是：它不是在模拟基因间的线性相关，而是利用预训练模型从海量数据中学习到的...

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本指南涵盖从数据准备到最终评估的完整闭环，并融入了差分学习率、二阶段冻结、值域裁剪等经过验证的实战要诀，旨在帮助您避开常见陷阱，高效训练出高精度的下游任务模型。 1. 数据准...

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功能富集作为生信分析的常规方法，做过分析的人都很熟悉。功能富集的软件也是相当的丰富。其中，DAVID作为功能富集的老牌网站认可度还是很高的，对于不熟悉代码的人来说，这样可视化...

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研究结果表明，在生物过程中以及疾病进展中，不仅细胞亚群内基因表达的变化，细胞类型比例的改变也具有重要意义。为了识别不同生物条件下成分差异的簇，最近引入了差异组分分析，即比例分...

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cellxgene是单细胞领域不可多得的资源，作为一个数据库里面目前包含了2124个数据集，囊括1117种细胞类型，共有156M细胞。除了人和小鼠外，还收录有Callithr...

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scanpy作为单细胞数据分析工具，熟悉python的人应该并不陌生。因其是为复杂的单细胞数据设计而来，所以用于分析bulkRNA数据有点降维打击的意思。利用软件的框架优势，...

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单细胞RNA测序极大地丰富了我们对细胞异质性的认识。然而，准确的细胞类型标注仍然是下游分析中的一个主要瓶颈。人工标注耗时费力，很大程度上依赖于专业的背景知识，并且缺乏可重复性...

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前面体验过OmicClaw，感觉还不错，降低了分析数据对写代码的直接依赖。对于不会代码的研究人员来说确实是一种福音，用自然语言即可通过AI操控底层的分析代码来分析数据，真的是...

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自从OpenClaw爆火以后，生信分析方向也有不少关于组学数据分析的大模型AI Agent。作为赶时髦的生信工程师，肯定要凑个热闹，感受一下AI Agent带来的数据分析新范...

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LIANA+ 是一个可扩展的框架，能够根据需要对现有方法和知识进行调整和拓展，以研究单细胞、空间分辨率以及多模态组学数据中的细胞间通讯。它是 scverse 生态系统的一部分...

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单细胞测序技术通过捕获单个细胞的瞬时分子图谱，为重建动态生物学过程提供了可能。在发育和疾病过程中，细胞命运决定是由确定性调控事件和随机性调控事件之间复杂的平衡所协调的。漂移-...

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单细胞数据分析经常需要在R与python之间切换，前面介绍过不少工具可以用来将seurat与scanpy对象互转。虽然这些工具也可以转换格式，但跟今天介绍的工具比起来还是逊色...

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最近这段时间“养龙虾”很火，听说龙虾可以接管一切，可以帮忙干活，聊聊天就把活干了，这谁能忍住不尝试一下。不过，听说好像龙虾并不好安装，对初学者并不友好，因此有人提供付费安装服...