在异质性组织中识别不同条件下的基因表达差异是一项基础的生物学任务，多条件RNA-seq技术使这一任务成为可能。当前的数据分析方法将组成细胞划分为代表细胞类型的聚类，但这种离散...
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LEMUR | 多条件单细胞数据的cluster-free更精细差异基因分析 -
scverse | 单细胞组学分析工具任意选，不容错过的python生态社区scverse是一个更广泛的软件包生态系统，建立在scverse核心软件包的基础上。这些工具实现了模型和分析方法，以解决空间组学、调控基因组学、轨迹推断、可视化等方面的问题。...
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easySCFr | 一行代码读取空间转录组h5为seurat对象前面一篇分享了一个读取单细胞数据的工具，有人提到空间转录组是否可用。那么，今天就来分享一个可以快速读取空间转录组h5文件为seurat对象的工具，过程也是相当简单。 将h5文...
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anndataR | 一行代码读取h5ad为seurat对象软件的专业性最直接的体现方式就是使用起来是否简单高效。单细胞数据分析多了就会遇到一个问题，需要在R与python之间切换，而两种语言常用的保存格式却不一样，读写起来就显得不是...
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Cell2Sentence大语言模型注释scRNA细胞类型门槛有点高耶鲁大学和Google的团队推出的大语言模型C2S-Scale (Cell2Sentence)，模型参数规模扩展至 270 亿个，能够显著提升其预测和生成能力，并为需要在多细...
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STAMP空间模式算法用在scRNA数据会怎样STAMP (Spatial Transcriptomics Analysis with topic Modeling to uncover spatial Patterns...
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让bam满足velocyto的特别要求
RNA velocity基于细胞中spliced和unspliced的mRNA比例，来计算基因表达变化的速率，以此来预测细胞的发育轨迹。由于基于mRNA的剪切信息，所以分析前...
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从实现层详解scVelo的moments步骤让过程透明化
moments步骤的目的是计算Ms、Mu，也就是对每个细胞中各基因的spliced、unspliced根据邻域图求均值，即细胞里的spliced/unspliced会替换为其...
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squidpy | 空间转录组分析软件，scanpy团队出品Squidpy让空间基因表达与组织影像在同一套Python对象里互操作，提供从建图、统计、特征提取、交互式可视化到细胞通讯的端到端工作流。核心功能可概括为一个框架、两类数据、...