单细胞基因组技术能够对跨越时间和空间维度的数百万个细胞进行多模态分析。然而，实验限制阻碍了对细胞在其天然时间动态和空间组织生态位中的全面测量。最优传输 (Optimal tr...
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moscot | scanpy团队再发力，解决多时间点和空间限制下的细胞轨迹推断 -
anndata2ri | seurat与scanpy对象转换的万能钥匙单细胞数据分析经常需要在R与python之间切换，前面介绍过不少工具可以用来将seurat与scanpy对象互转。虽然这些工具也可以转换格式，但跟今天介绍的工具比起来还是逊色...
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liana+ | 整合多种细胞通讯方法和数据库，这样的软件确实好用LIANA+ 是一个可扩展的框架，能够根据需要对现有方法和知识进行调整和拓展，以研究单细胞、空间分辨率以及多模态组学数据中的细胞间通讯。它是 scverse 生态系统的一部分...
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claw4science | 大模型分析数据的技能库前面体验过OmicClaw，感觉还不错，降低了分析数据对写代码的直接依赖。对于不会代码的研究人员来说确实是一种福音，用自然语言即可通过AI操控底层的分析代码来分析数据，真的是...
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scanpy框架用来分析bulkRNA就是好用scanpy作为单细胞数据分析工具，熟悉python的人应该并不陌生。因其是为复杂的单细胞数据设计而来，所以用于分析bulkRNA数据有点降维打击的意思。利用软件的框架优势，...
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geneformer | 用模型做数据预处理岂不妙哉单细胞数据分析前期的数据预处理涉及normalization、log1p、hvg、scale、pca等一系列步骤。这些预处理步骤消除了测序深度差异，稳定了方差并压缩极端值，筛...
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geneformer | 基因扰动分析如果某个基因被删除或者过表达，细胞内会发生什么变化？哪些通路会被抑制或者激活？哪些基因表达会随之上升或下降？这类问题以前只能靠实验来验证，成本高、周期长。现在随着工具的发展，...
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SCENIC+ | 增强子驱动的转录因子调控网络细胞身份由基因调控网络 (GRNs) 编码，其中转录因子 (TFs) 与一组顺式调控元件 (CREs) 相互作用，以控制靶基因的转录。CREs通常具有细胞类型特异性，并由特定...
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pycisTopic | 新手友好的scATAC分析文档scATAC数据的分析软件也有不少，Signac、snapATAC2、ArchR等都是比较常见的软件，其中ArchR的功能最为全面。那pycisTopic有什么优势呢？好处是...