生信云笔记

cellxgene是单细胞领域不可多得的资源，作为一个数据库里面目前包含了2124个数据集，囊括1117种细胞类型，共有156M细胞。除了人和小鼠外，还收录有Callithr...

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scanpy作为单细胞数据分析工具，熟悉python的人应该并不陌生。因其是为复杂的单细胞数据设计而来，所以用于分析bulkRNA数据有点降维打击的意思。利用软件的框架优势，...

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单细胞RNA测序极大地丰富了我们对细胞异质性的认识。然而，准确的细胞类型标注仍然是下游分析中的一个主要瓶颈。人工标注耗时费力，很大程度上依赖于专业的背景知识，并且缺乏可重复性...

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前面体验过OmicClaw，感觉还不错，降低了分析数据对写代码的直接依赖。对于不会代码的研究人员来说确实是一种福音，用自然语言即可通过AI操控底层的分析代码来分析数据，真的是...

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自从OpenClaw爆火以后，生信分析方向也有不少关于组学数据分析的大模型AI Agent。作为赶时髦的生信工程师，肯定要凑个热闹，感受一下AI Agent带来的数据分析新范...

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LIANA+ 是一个可扩展的框架，能够根据需要对现有方法和知识进行调整和拓展，以研究单细胞、空间分辨率以及多模态组学数据中的细胞间通讯。它是 scverse 生态系统的一部分...

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scverse是一个更广泛的软件包生态系统，建立在scverse核心软件包的基础上。这些工具实现了模型和分析方法，以解决空间组学、调控基因组学、轨迹推断、可视化等方面的问题。...

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单细胞基因组技术能够对跨越时间和空间维度的数百万个细胞进行多模态分析。然而，实验限制阻碍了对细胞在其天然时间动态和空间组织生态位中的全面测量。最优传输 (Optimal tr...