fgsea包做GSEA分析很好用，奈何结果可视化真的有些潦草。既然，自带的可视化不好看，那就借助其他包来展示吧，比如enrichplot、GseaVis两个包的GSEA可视化...
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美化fgsea的GSEA分析结果 -
让bam满足velocyto的特别要求
RNA velocity基于细胞中spliced和unspliced的mRNA比例，来计算基因表达变化的速率，以此来预测细胞的发育轨迹。由于基于mRNA的剪切信息，所以分析前...
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从实现层详解scVelo的moments步骤让过程透明化
moments步骤的目的是计算Ms、Mu，也就是对每个细胞中各基因的spliced、unspliced根据邻域图求均值，即细胞里的spliced/unspliced会替换为其...
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RNAseq数据推断两种表型之间分泌蛋白活性的变化推断两种表型之间 (如处理 vs 对照、肿瘤 vs 正常、应答者 vs 非应答者) 分泌蛋白活性的变化。输入的表达值应来自RNAseq或MicroArray数据，需经过log...
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Cell2Sentence大语言模型注释scRNA细胞类型门槛有点高耶鲁大学和Google的团队推出的大语言模型C2S-Scale (Cell2Sentence)，模型参数规模扩展至 270 亿个，能够显著提升其预测和生成能力，并为需要在多细...
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STAMP空间模式算法用在scRNA数据会怎样STAMP (Spatial Transcriptomics Analysis with topic Modeling to uncover spatial Patterns...
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NC结果复现 | 可视化R包endplot开发测试endplot算是自己对END-seq数据分析工作的总结和理解。END-seq并不像single-cell广为人知，网上可用的资源满天飞。学习新技术阅读一手的文献必不可少...
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摸了个鱼之给SeekSoulTools软件写个MultiQC插件最近分析了一批单细胞数据，前期的比对定量使用公司自己的配套软件SeekSoulTools分析，用起来类似于cellranger一行命令完成定量并生成报告。通常单细胞的定量软件...
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空间转录组的细胞通讯分析从单细胞空间转录组 (ST) 数据中，推断由分泌蛋白介导的细胞间通讯。示例数据为CosMx平台的肝癌ST样本。 创建SpaCET对象 创建对象需准备三类输入数据： count...