单细胞数据分析经常需要在R与python之间切换，前面介绍过不少工具可以用来将seurat与scanpy对象互转。虽然这些工具也可以转换格式，但跟今天介绍的工具比起来还是逊色...
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anndata2ri | seurat与scanpy对象转换的万能钥匙 -
scverse | 单细胞组学分析工具任意选，不容错过的python生态社区scverse是一个更广泛的软件包生态系统，建立在scverse核心软件包的基础上。这些工具实现了模型和分析方法，以解决空间组学、调控基因组学、轨迹推断、可视化等方面的问题。...
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moscot | scanpy团队再发力，解决多时间点和空间限制下的细胞轨迹推断单细胞基因组技术能够对跨越时间和空间维度的数百万个细胞进行多模态分析。然而，实验限制阻碍了对细胞在其天然时间动态和空间组织生态位中的全面测量。最优传输 (Optimal tr...
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LEMUR | 多条件单细胞数据的cluster-free更精细差异基因分析在异质性组织中识别不同条件下的基因表达差异是一项基础的生物学任务，多条件RNA-seq技术使这一任务成为可能。当前的数据分析方法将组成细胞划分为代表细胞类型的聚类，但这种离散...
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脚本的关键词应该这么获取
有些帖子里面预留了脚本的获取方式，在后台回复对应的关键词即可获取，而相应的关键词也在内容里面，大部分读者都可以得到关键词，但还是有些粉丝不清楚，这里统一说明下。 比如在下面的...
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你的打工龙虾上线了么？最近这段时间“养龙虾”很火，听说龙虾可以接管一切，可以帮忙干活，聊聊天就把活干了，这谁能忍住不尝试一下。不过，听说好像龙虾并不好安装，对初学者并不友好，因此有人提供付费安装服...
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easySCFr | 一行代码读取空间转录组h5为seurat对象前面一篇分享了一个读取单细胞数据的工具，有人提到空间转录组是否可用。那么，今天就来分享一个可以快速读取空间转录组h5文件为seurat对象的工具，过程也是相当简单。 将h5文...
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anndataR | 一行代码读取h5ad为seurat对象软件的专业性最直接的体现方式就是使用起来是否简单高效。单细胞数据分析多了就会遇到一个问题，需要在R与python之间切换，而两种语言常用的保存格式却不一样，读写起来就显得不是...
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Cell2Sentence大语言模型注释scRNA细胞类型门槛有点高耶鲁大学和Google的团队推出的大语言模型C2S-Scale (Cell2Sentence)，模型参数规模扩展至 270 亿个，能够显著提升其预测和生成能力，并为需要在多细...