功能富集作为生信分析的常规方法，做过分析的人都很熟悉。功能富集的软件也是相当的丰富。其中，DAVID作为功能富集的老牌网站认可度还是很高的，对于不熟悉代码的人来说，这样可视化...
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DAVID做富集分析的生信工程师快捷用法 -
scGPT模型微调最佳操作指南本指南涵盖从数据准备到最终评估的完整闭环，并融入了差分学习率、二阶段冻结、值域裁剪等经过验证的实战要诀，旨在帮助您避开常见陷阱，高效训练出高精度的下游任务模型。 1. 数据准...
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scGPT细胞类型注释的预训练模型微调
scGPT关于细胞类型注释的预训练模型微调的代码过程如下：https://scgpt.readthedocs.io/en/latest/tutorial_annotation...
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scGPT模型做GRN分析也是不错的选择scGPT 分析基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN) 的核心思路是：它不是在模拟基因间的线性相关，而是利用预训练模型从海量数据中学习到的...
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cellxgene远程或本地探索单细胞数据cellxgene是单细胞领域不可多得的资源，作为一个数据库里面目前包含了2124个数据集，囊括1117种细胞类型，共有156M细胞。除了人和小鼠外，还收录有Callithr...
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批量基因ID转换python版
不得不承认基因的ID种类确实很多，好在常用的就那么几个。做分析基本都会遇到基因ID转换的需求，能用来做这个的事资源还是比较多的。其中，NCBI作为生命科学领域的数据库，信息那...
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你的打工龙虾上线了么？最近这段时间“养龙虾”很火，听说龙虾可以接管一切，可以帮忙干活，聊聊天就把活干了，这谁能忍住不尝试一下。不过，听说好像龙虾并不好安装，对初学者并不友好，因此有人提供付费安装服...
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anndata2ri | seurat与scanpy对象转换的万能钥匙单细胞数据分析经常需要在R与python之间切换，前面介绍过不少工具可以用来将seurat与scanpy对象互转。虽然这些工具也可以转换格式，但跟今天介绍的工具比起来还是逊色...
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scdiffeq | 建模多时间点单细胞数据的发育轨迹单细胞测序技术通过捕获单个细胞的瞬时分子图谱，为重建动态生物学过程提供了可能。在发育和疾病过程中，细胞命运决定是由确定性调控事件和随机性调控事件之间复杂的平衡所协调的。漂移-...