基因调控网络 (GRNs) 对于理解基因如何协调细胞过程至关重要。如今大规模的单细胞扰动研究为GRNs推断提供了机遇,但目前许多方法未能充分利用...
scGPT关于细胞类型注释的预训练模型微调的文档内容详细而系统,但对于使用来说有点复杂,看着让人眼花缭乱。这样整个过程摊开在使用者面前,虽然调整...
scGPT 分析基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN) 的核心思路是:它不是在模拟基因间的线性相关,而是利用...
scGPT关于细胞类型注释的预训练模型微调的代码过程如下:https://scgpt.readthedocs.io/en/latest/tuto...
本指南涵盖从数据准备到最终评估的完整闭环,并融入了差分学习率、二阶段冻结、值域裁剪等经过验证的实战要诀,旨在帮助您避开常见陷阱,高效训练出高精度...
功能富集作为生信分析的常规方法,做过分析的人都很熟悉。功能富集的软件也是相当的丰富。其中,DAVID作为功能富集的老牌网站认可度还是很高的,对于...
不得不承认基因的ID种类确实很多,好在常用的就那么几个。做分析基本都会遇到基因ID转换的需求,能用来做这个的事资源还是比较多的。其中,NCBI作...
研究结果表明,在生物过程中以及疾病进展中,不仅细胞亚群内基因表达的变化,细胞类型比例的改变也具有重要意义。为了识别不同生物条件下成分差异的簇,最...
cellxgene是单细胞领域不可多得的资源,作为一个数据库里面目前包含了2124个数据集,囊括1117种细胞类型,共有156M细胞。除了人和小...