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anndataR | 一行代码读取h5ad为seurat对象软件的专业性最直接的体现方式就是使用起来是否简单高效。单细胞数据分析多了就会遇到一个问题，需要在R与python之间切换，而两种语言常用的保存格...
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squidpy | 空间转录组分析软件，scanpy团队出品Squidpy让空间基因表达与组织影像在同一套Python对象里互操作，提供从建图、统计、特征提取、交互式可视化到细胞通讯的端到端工作流。核心功...
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从实现层详解scVelo的moments步骤让过程透明化moments步骤的目的是计算Ms、Mu，也就是对每个细胞中各基因的spliced、unspliced根据邻域图求均值，即细胞里的spliced...
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让bam满足velocyto的特别要求RNA velocity基于细胞中spliced和unspliced的mRNA比例，来计算基因表达变化的速率，以此来预测细胞的发育轨迹。由于基于...
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美化fgsea的GSEA分析结果fgsea包做GSEA分析很好用，奈何结果可视化真的有些潦草。既然，自带的可视化不好看，那就借助其他包来展示吧，比如enrichplot、Gse...
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STAMP空间模式算法用在scRNA数据会怎样STAMP (Spatial Transcriptomics Analysis with topic Modeling to uncover s...
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Cell2Sentence大语言模型注释scRNA细胞类型门槛有点高耶鲁大学和Google的团队推出的大语言模型C2S-Scale (Cell2Sentence)，模型参数规模扩展至 270 亿个，能够显著提升其...
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大型患者队列中分析分泌蛋白的临床相关性从大型数据队列中推断分泌蛋白的信号活性，并计算它们与临床信息的相关性。输入的表达值应来自 RNAseq或MicroArray数据，并需经过log...
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RNAseq数据推断两种表型之间分泌蛋白活性的变化推断两种表型之间 (如处理 vs 对照、肿瘤 vs 正常、应答者 vs 非应答者) 分泌蛋白活性的变化。输入的表达值应来自RNAseq或Micr...