发简信
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FateID | scRNA推断多能祖细胞的命运偏向FateID基于迭代监督学习算法，解决了利用细微的转录组差异指示谱系偏差，可以用来概率量化多能祖细胞的命运偏差。FateID基本原理过程如下： ...
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NC结果复现 | 可视化R包endplot开发测试endplot算是自己对END-seq数据分析工作的总结和理解。END-seq并不像single-cell广为人知，网上可用的资源满天飞。学...
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完了！感觉像个厨子每当讨论后提出新的分析需求，都有点感觉客户好像在点餐！ 生信工程师与厨师，一个整天面对代码和数据，一个整天与锅铲和食材打交道，看似风马牛不相及，...
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STAMP使用小技巧 | 空转的可解释性空间感知降维STAMP (Spatial Transcriptomics Analysis with topic Modeling to uncover s...
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MultiQC高级用法：生成自定义报告MultiQC作为NGS数据QC报告的整合工具，目前已支持165个生信工具的报告整合，一键就可以轻轻松松将多样本的QC结果整合起来并生成网页报告...
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CytoTRACE2：细胞分化潜能的预测效果不错CytoTRACE2是一个新颖的深度学习框架，旨在处理单细胞潜能评估的复杂性，同时实现直接的生物学可解释性。该框架的核心是一组基因集二进制网络 ...
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Seurat用来分析bulkRNA，这就是降维打击Seurat作为知名的单细胞数据软件，真的是非常棒，让分析过程变得简洁高效，无需花费很多的学习成本便可以上手。虽然该软件是为单细胞数据设计而来，...
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利用数据库的marker手动注释细胞类型单细胞分析前期很重要的一步是细胞类型注释，这一步看似很简单，有时候做起来却是最耗时的一步。如果数据很好，用经典的或者文献里的marker很轻松就...
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cellrank v1/2 | 细胞分化轨迹推断，scanpy团队出品CellRank是由出品scanpy的Fabian J. Theis 团队开发的单细胞轨迹分析工具，主要用于推断细胞命运的动态变化。传统轨迹推断...