单细胞数据分析前期的数据预处理涉及normalization、log1p、hvg、scale、pca等一系列步骤。这些预处理步骤消除了测序深度差...

如果某个基因被删除或者过表达，细胞内会发生什么变化？哪些通路会被抑制或者激活？哪些基因表达会随之上升或下降？这类问题以前只能靠实验来验证，成本高...

细胞身份由基因调控网络 (GRNs) 编码，其中转录因子 (TFs) 与一组顺式调控元件 (CREs) 相互作用，以控制靶基因的转录。CREs通...

scATAC数据的分析软件也有不少，Signac、snapATAC2、ArchR等都是比较常见的软件，其中ArchR的功能最为全面。那pycis...

SCENIC/SCENIC+分析转录因子或者增强子时，其中有一个输入文件是motif的调控潜能排序数据库，而软件只配套提供了human、mous...

Biomni一个登上主刊的通用型生物医学智能体，核心原理是构建一个“通用型生物医学AI代理”，其设计围绕两大支柱：一个统一的生物医学操作空间和一...

pyscenic做转录因子分析时，GRN是限速步骤，数据大点就很耽误时间。此时，RegDiffusion就是一个加速选择。 以往从表达数据中推断...

基因调控网络 (GRNs) 对于理解基因如何协调细胞过程至关重要。如今大规模的单细胞扰动研究为GRNs推断提供了机遇，但目前许多方法未能充分利用...

scGPT关于细胞类型注释的预训练模型微调的文档内容详细而系统，但对于使用来说有点复杂，看着让人眼花缭乱。这样整个过程摊开在使用者面前，虽然调整...