发简信
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scRNA-seq分泌蛋白介导的细胞通讯从scRNA-seq数据中推断由分泌蛋白介导的细胞间通讯。分析需要包含两种不同条件的scRNA-seq数据集。SecAct通过两条关键标准来识别...
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空间转录组的细胞通讯分析从单细胞空间转录组 (ST) 数据中，推断由分泌蛋白介导的细胞间通讯。示例数据为CosMx平台的肝癌ST样本。 创建SpaCET对象 创建对象需...
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空间转录组的signaling pattern和velocity分析利用SecAct推断空间转录组数据中每个spot的分泌蛋白活性。演示数据来自Visium平台 (直径55µm，覆盖1–10个细胞) 的肝癌转录组...
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Adv Sci | 基因组倍性检测工具的选择指南，选择困难症的福音[Benchmarking Ploidy Estimation Methods for Bulk and Single-Cell Whole G...
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摸了个鱼之给SeekSoulTools软件写个MultiQC插件最近分析了一批单细胞数据，前期的比对定量使用公司自己的配套软件SeekSoulTools分析，用起来类似于cellranger一行命令完成定量并...
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FateID | scRNA推断多能祖细胞的命运偏向FateID基于迭代监督学习算法，解决了利用细微的转录组差异指示谱系偏差，可以用来概率量化多能祖细胞的命运偏差。FateID基本原理过程如下： ...
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NC结果复现 | 可视化R包endplot开发测试endplot算是自己对END-seq数据分析工作的总结和理解。END-seq并不像single-cell广为人知，网上可用的资源满天飞。学...
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感觉像个厨子每当讨论后提出新的分析需求，都有点感觉客户好像在点餐！ 生信工程师与厨师，一个整天面对代码和数据，一个整天与锅铲和食材打交道，看似风马牛不相及，...
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STAMP使用小技巧 | 空转的可解释性空间感知降维STAMP (Spatial Transcriptomics Analysis with topic Modeling to uncover s...