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1. 代谢组数据示例（test_meta.txt） SampleID mws1401 A13 0.00 A16 0.00 A7 0.00 A17 0.00 A11 0.00 ...

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gatk --java-options "-Xmx185g -Djava.io.tmpdir=./tmp" HaplotypeCaller -R /public/home/k...

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建立一个.inputrc文件夹 # /etc/inputrc - global inputrc for libreadline # See readline(3readlin...

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1. 原因：利用gmaps回帖基因，会损失和错误很多，导致busco结果降低。所以可以直接基于挂载生成的agp文件直接进行转化，不损失任何基因。 #!/usr/bin/env...

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Mark一个很经典的三维基因组学学习笔记 参考：https://geekdaxue.co/read/davey-brweo@xfltrm/ncf5i6

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1. Hic数据mapping（Align Hi-C data to the assembly, remove PCR duplicates and filter out s...

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plink --vcf All.input.vcf --biallelic-only --recode vcf-iid --out input.clean --allow-e...

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问题1.因为WGBS测序的原理是亚硫酸盐处理会使未甲基化的胞嘧啶（C）被转化为脱氨基胞嘧啶（T），而甲基化的胞嘧啶（5-methylcytosine，5mC）不受影响。然后通...

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1.Bam2fq （by 森哥） 脚本如下： #!/usr/bin/perl =head1 Description ccsbam2fq.pl read BAM file of...

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在家目录上新建一个.inputrc文件，内容为： # do not bell on tab-completion #set bell-style none set meta-...

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SIFT4G软件默认假设参考基因组上的氨基酸序列是功能正常的，因此它的分析主要关注突变位点上的氨基酸替代对蛋白质功能的可能影响。 SIFT4G会对给定的突变位点进行分析，计算...

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利用Canu进行组装 canu -p YueC -d canu genomeSize=3g useGrid=false maxThreads=24 -pacbio-hifi ...

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如果两个 VCF 文件中的样本出现的顺序不一样，但具有相同的样本名称，您可以使用 bcftools 的 reheader 命令来调整样本顺序。 bcftools rehead...

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1.群体遗传|根据SNP验证自然选择—XPEHH分析 （https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcIw） 2.Human ...

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import sys input_file = sys.argv[1] step_len = 100000 result = {} chrom_stats = { "Ch...

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Pmap 输入数据文件 col 设置不同染色体中点的颜色 cex 设置点的大小 pch 设置点的形状 band 设置不同染色体之间的间隔 H 设置每个圈的高度...

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是的，Sweepfinder2可以用于单个群体或单个组的选择清除区域的鉴定。Sweepfinder2是一种基于单个群体的统计方法，它通过比较不同位点的遗传变异模式来检测选择清...

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运行以上脚本后，根据第5列的分类情况，然后取用第三列数据，算出第5列中每个条目的第三列数据的平均值。 import pandas as pd # 读取文本文件 data = ...