1. Hic数据mapping（Align Hi-C data to the assembly, remove PCR duplicates and filter out secondary and supplementary alignments）
bwa index asm.fa
bwa mem -5SP -t 28 asm.fa /path/to/read1_fq.gz /path/to/read2_fq.gz | samblaster | samtools view - -@ 14 -S -h -b -F 3340 -o HiC.bam
2.过滤比对结果（Filter the alignments with MAPQ 1 (mapping quality ≥ 1) and NM 3 (edit distance < 3)）
/path/to/HapHiC/utils/filter_bam HiC.bam 1 --nm 3 --threads 14 | samtools view - -b -@ 14 -o HiC.filtered.bam
过滤的不sort的bam结果（去除sort的命令为sort -n），可以直接作为haphic，allhic，yash的输入。
参考：
https://github.com/zengxiaofei/HapHiC?tab=readme-ov-file#quick-start
https://www.jianshu.com/p/620ddc8764ee
https://www.jianshu.com/p/1a9f2da1dee （-q 40设置太高了，分型基因组建议1，mono基因组建议10）
