find . -maxdepth 1 -type f -name "*.g.vcf.gz" ! -name "*interval*" -exec mv {} 02.gvcf/ \;
发简信
IP属地：山东
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2025-08-31要将当前文件夹内所有不包含 interval 的 .g.vcf.gz 文件移动到 02.gvcfs 目录
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export PHYLOFLASH_DBHOME=/disks/node1_58TB/BioDB/138.1/
2020-11-16 宏基因组中细菌16s rRNA组装分析
export PHYLOFLASH_DBHOME=/nfs_genome/BioDB/138.1/ conda activate phyloflash for id in `...
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for id in $(ls *.fq1.gz | sed 's/.fq1.gz//'); do echo " phyloFlash.pl -lib $id -everything -read1 $id.fq1.gz -read2 $id.fq2.gz "; done> phyloflash.sh
2020-11-16 宏基因组中细菌16s rRNA组装分析
export PHYLOFLASH_DBHOME=/nfs_genome/BioDB/138.1/ conda activate phyloflash for id in `...
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2025-06-30选择消除分析
1、群体区分 将每个群体中所包含的个体一行一个，生成popA，popB文件 2、vcftools进行对snp文件进行划窗计算fst和pi 窗口大小设置为1 Mbp，步长为0....
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群体进化选择消除分析要做选择性消除分析，首先就要把如下的理论记住熟记于心。 中性进化假说： 分子水平上，生物的演化或物种的进化并不是自然选择引起的，而是由中性/近中性的突变等位基因经过遗传漂变引...
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基因流分析——Treemix基本概念： 基因流（也称基因迁移） 是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非...
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2025-05-27 vcf文件建树
gstacks -I aligned/ -M ../../00.extracted/pop_newall1.txt -t 32 -O gstacks_out/ ./stack...
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2025-05-23 Treemix
vcf2treemix.sh $FILE.vcf.gz $FILE.clust .clust 格式是三列，第一列和第二列相同均为样品名称，第三列是样品所属的群体信息 利用生成...
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无参转录组序列组装 — Trinity转录组分析策略 转录组分析策略根据有无参考转录组可以分为两类： 有参比对—定量—差异分析—功能富集分析等 无参组装—定量—差异分析—功能富集分析等image 无参考转录组序列...
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2024-12-17添加用户以及分配磁盘配额
使用user_modify.py 建立新用户之后， 使用sacctmgr add user User=xxx Account=normal 命令添加用户到slurm系统可以提...
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2024-10-31获取文件夹内未生成bam的文件
ls *.fq.gz | while read f; do b="${f%.fq.gz}.bam"; if [ ! -f "$b" ]; then echo "$f"; fi...
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重测序数据（简化基因组和非简化基因组）的Clean data 到snp-indel的vcf步骤
最近有多个朋友问我关于二代重测序数据的分析问题（clean data 到vcf），我写了一个完整的步骤如下，若你是多个样品进行分析，最好是写 循环语句，这里我仅举一个例子“s...
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RNA-seq 数据处理（二）StringTie 转录本组装StringTie 是用于 RNA-seq 的转录本组装和定量软件。 本文只是个笔记记录，更详细的内容还是要看说明书。 StringTie: Transcript assem...
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三代pacbio hifi序列基因组组装与去冗余
1. bam2fasta -o xx.ccs.bam 2.hifiasm -o xjg04 -t 50 --hg-size 1.5g xjg.hifi.original.fa...
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利用purge_haplotigs去杂合当基因组某些区域可能有着比较高的杂合度，这会导致基因组该区域的两个单倍型被分别组装成primary contig， 而不是一个为primary contig， 另一个是ass...
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2024-07-24 CD-hit，seqkit 按照ID提取序列的应用
宏基因组二代测序结果binning之后的序列可能存在重复，首先使用prokka将binning后的序列转化为蛋白序列， 再使用CD-hit 命令默认参数将序列进行去重复 然后...
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用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理（全文5058字） 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeS...
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2024-01-09 修改不同文件夹下的相同命名的文件
for file in */umap.svg; do mv "$file" "$(dirname "$file")/$(basename $(dirname "$file")...
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2023-12-30列举以 .fa 结尾的文件，并使用空格将文件名合并为一行
ls *.fa | paste -sd " "解释一下 查看其他草稿 该命令由两部分组成： ls *.fa：列出文件夹中所有以 .fa 结尾的文件。 paste -sd " ...
