一、测序技术的历史沿革
- 1954年，Whitfeld等提出了测定多聚核糖核苷酸链的降解法
- 70年代的Sanger发明了“双脱氧终止反应法”，即一代测序
- 1983年Kary Mullis 发明PCR测序仪，推动产生了二代测序
- 1989年以纳米孔单分子测序技术为基础产生了三代测序
二、二代测序原理介绍
- 必备名词
- flowcell： 测序反应的载体/容器，1个flowcell有8个lane
- lane： 测序反应的平行泳道，试剂添加、洗脱等过程的发生位置
- tile： 每次荧光扫描的位置，肉眼是看不到的
- 双端测序： 可能序列比较长有四五百bp，两边各测120-150bp
- junction： 双端测序中间一些没有测到的区域
- flowcell构造：一个lane包含两列（swath），每一列有60个tile，每个tile会种下不同的cluster，每个tile在一次循环中会拍照4次（每个碱基一次）
- 测序流程-边合成边测序（sequence by synthesis, SBS）
- 构建DNA文库
- 上样
- 桥式PCR
- 测序
- 数据产生
- 图象校正（即空间校正）
- cluster识别
- 荧光校正（即光学校正）
- phasing/prephasing（即化学校正）
- 碱基识别
- PF（Illumina默认的数据过滤算法Pass Filtering）
- 质量评估
- 数据格式及分析
- Fastq格式：一种基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式,一般都包含有4行
- Fasta格式：一种基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式
- GenBank格式
- EMBL格式
- 使用fastqc软件进行分析
三、三代测序技术介绍
- PacBio实时单分子测序
- Complete Genomics公司的复合探针-锚定连接技术
- Oxford Nanopore纳米孔单分子通道技术
- Ion Torrent电子流检测技术
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