这是我的第一篇简书，还不太会Markdown编辑器，先随便写一下子吧，之后慢慢学。2018年11月10号到13号，在珠海跟着健明老师和崔老师学习了近4天的生物信息学，收获颇丰，回来之后也是满腔热血，开始自己的学习，从自己之前用过的TCGA开始。但是TCGA下载的RNAseq文件是一个个独立文件夹，里面都有一个.gz文件，所以第一步，是如何将他们全部转移到同一个目录下，这是我遇到的第一个问题。之前我是用perl脚本解决的，但是看不懂perl脚本的意思，所以还是想用自己可以读的懂的语言去完成。这个心路历程和尝试历程都在下面写了。总之要开始写简书记录自己的成长，同时也是自己的学习笔记，一步一步开始往前走，以后有知识忘记了，也可以回过头来多看看，同时也是和广大生信工作者分享自己的一点经验！
1、`/etc/skel/.bashrc` #把.bashrc拷过来，根据自己需要修改。如果自己的工作目录下没有的话，有.bashrc文件请忽略这步
2、`cat ~/.bashrc` #看一下.bashrc里面有什么
3、`cat >> ~/.bashrc` #添加环境变量，这是cat命令对文本进行内容添加
`PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"` #改变颜色
ctrl + C #结束命令，按“ctrl + C”，已经修改了环境变量
`source .bashrc` #每次重新登陆，source一下即可进入环境变量
4、`echo $PATH` #看一下PATH上有什么
5、`export PATH="$PATH:/home/(...)/"` #可以修改环境变量里面的路径，使一些软件的目录加入进来，以后source .bashrc之后就可以使用了
6、`vim .bashrc` #进入vim编辑.bashrc文件
i #按i键进入编辑模式（INSERT），然后回车换行，粘贴想要添加的路径或者其他环境变量
Esc , :wq #按Esc键，然后输入":wq"，即可保存退出
7、总结环境变量，简单说就是相当于建立了自己设置好的一个桌面，桌面上有各种自己想用的快捷方式（和windows系统类比）
***8、`mv /home/vip27/TCGA/RNAseq/*/*.gz /home/vip27/TCGA/RNAseq/merge/` ##将RNAseq文件夹下面的所有文件夹中的.gz文件，全部转移到RNAseq文件夹下的merge文件夹
##这个是困扰我很久的一个问题，之前使用perl脚本处理的（当然我只是会用，并看不懂perl），现在用linux完成了自己的第一个shell脚本的书写，感觉很好。因为之前自己写了很多次都没有运行成功，也用了循环，也是失败，现在也不是很清楚为什么，anyway，新技能get！慢慢学习，继续往前走。
9、```perl
use strict;
use warnings;
use File::Copy;
my $newDir="files";
unless(-d $newDir)
{
mkdir $newDir or die $!;
}
my @allFiles=glob("*");
foreach my $subDir(@allFiles)
{
if((-d $subDir) && ($subDir ne $newDir))
{
opendir(SUB,"./$subDir") or die $!;
while(my $file=readdir(SUB))
{
if($file=~/\.gz$/)
{
#`cp ./$subDir/$file ./$newDir`;
copy("$subDir/$file","$newDir") or die "Copy failed: $!";
}
}
close(SUB);
}
}
```
## 最后把可以完成同样任务的perl脚本也粘贴在这里，埋个伏笔，希望以后自己也可以学会perl语言。
