新版《哪吒》讲了一个这样的故事：
天尊将混元珠分成了灵珠和魔丸两部分：灵珠投胎，将拯救百姓；魔丸投胎，将为祸苍生。天尊遂在魔丸上下了天劫咒，三年后，魔丸将由天雷霹死，以免为害人间。
天尊派徒弟太乙真人将灵珠投胎至陈塘关总兵李靖家中，成为李家的三公子。岂料时辰将至，却被对灵珠觊觎已久的另一个徒儿申公豹，阴谋置换走。灵珠，转世为龙王的儿子敖丙；魔丸，误入李夫人腹中，降落人世。
一个大火球，在地上奔来蹿去，威力无穷，烧毁房屋、摧倒树木，于是，陈塘关百姓都晓得了：李总兵家的三公子哪吒，是个“妖怪”。
而最令李靖夫妇痛心的是：三年后，这个白胖粉嫩的娃娃，将会被天雷收去。他们的亲子缘份，只有三年。
为了防止天生神力的魔娃娃出去闯祸，李靖决定将哪吒关起来。
然而，该来的还是来了。
哪吒长成了一个威力无比、却异常“顽劣”的孩子，他曾偷偷跑出去几次，热闹的大街瞬间变得空荡荡，老百姓如避瘟神。好不容易有小女孩想跟哪吒玩，却被家人迅速抱走。一声声“妖怪”，一个个嫌弃却又惊惧的眼神，让哪吒陷入了无边的孤独和委屈之中。
李夫人和李靖忙于斩妖除魔、维护百姓，连陪哪吒尽兴地踢一次键子的时间都没有。哪吒更孤独了……
好在，他的父母希望孩子能够在三年的人生中，成长为一个为民除害、斩妖除魔的人，这样，既成就了他自己，也免于陈塘关的百姓遭到浩劫。太乙真人便悉心教导其修炼，哪吒本事更大了。
有一天，父亲为了激励孩子走上正途，告诉哪吒，他本是灵珠转世，天生神力，肩负斩妖除魔的重任。只是，此乃天机不可泄露，因此，被外人误以为是妖怪。哪吒一听，眼里升起了希望的光芒。
这一天，海夜叉掳走了一个小女孩。
哪吒在与海夜叉的搏斗中，不出例外地又遭到了百姓们的误解。还好，最终，女孩获救了，哪吒也收获了敖丙这个唯一的朋友。但是别人的成见，又一次哪吒陷入了苦恼和戾气中。
很快，哪吒的三岁生辰即将到来。李靖夫妇决定宴请陈塘关的百姓，并当众解开上次勇斗海夜叉时，人们对哪咤的误解。太乙真人也决定将混天绫、风火轮和火龙枪送给哪吒当礼物。
熟料这时，申公豹来到哪吒身旁，告诉哪吒他的来历，他的天劫，并把乾坤圈的咒语告诉了他。哪吒听后，痛苦、愤怒得简直要爆炸了！
他恨，恨这一切！
脱离了乾坤圈的束缚，哪咤的魔性大发。此时，天雷滚滚，李靖夫妇、无数百姓，一场灾难即将来临！
此时，敖丙在申公豹的授意下，要借机在哪吒和李靖夫妇死后，拯救陈塘关百姓，成就自己的大业。可敖丙心性善良，要救李靖夫妇，以感谢哪吒曾经的救命之恩。便把乾坤圈抛给了太乙真人。哪咤的魔性瞬间被压下，李靖夫妇得救。
谁料，敖丙的龙族身份无意暴露，整个龙族将到受灭顶之灾。只有将在场的所有人都杀死，龙族才能躲过此劫。敖丙无奈，准备活埋陈塘关。
此时，风火轮让哪吒看到了之前发生的一件事：
得知孩儿只有三年寿命，且被天尊下了天劫咒，李靖求太乙同去见天尊。被守门人告知，有一种方法可以解救，就是有血亲之人愿意在天雷降下的瞬间以命换命，魔丸就可获救。
哪吒打开父亲给自己的平安福袋，里面装着一张“换命符”，瞬间泪崩。
巨大的爱，唤起了哪吒内心的强大动力，他决定对抗敖丙，解救陈塘关的百姓，临死前要做一件让父母感到荣光的事情，不负他们的养育之恩和殷殷期待。
最后，哪吒成功了，并且他在天雷的召唤下，向着那巨大的虚空飞了上去，眼看身体的能量就要耗尽。此时，敖丙决定也和天雷对抗。
灵珠和摩丸合力之后，其能量无比巨大。太乙真人手持莲花宝台，也飞了上去。
最后，太乙真人将哪吒和敖丙二人的魂魄置于莲花台中。灵珠和魔丸，因为舍已为人的大爱，得到了上天的庇佑。
