StrainScan-可与strainest媲美

软件安装

conda install -c bioconda strainscan


网址：https://github.com/liaoherui/StrainScan


加载环境

source ~lishasha/.miniconda3_env 

conda activate strainscan

构建数据库

strainscan_build -i <Input_Genomes> -o <Database_Dir>

菌株鉴定

strainscan -i <Input_reads要指向具体文件> -d <Database_Dir> -o <Output_Dir要区分样本>

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