关于这个问题的解决方法: 是解答说因为有长度为0的测序数据。 所以使用cutadapt 的-m参数 设置一个最短序列长度,去掉太短的测序结果。 cutadapt -m 10 -o out.fq in.fq 参考:https://github.com/BenLangmead/bowtie/issues/43