2020-05-28 outerrepeat in JB864.raven.fasta,Utg7

目的:

1 hit with significant e-value in "JB864.raven_mask.query_wtf*-dw.withanno.out" doesn't have a positional information
希望知道这个hit的位置信息


hit in JB864.raven_mask.query_wtf4-dw

outer repeat in Utg37 align with other outerrepeat

分析步骤

step1. Utg37 annotation

snapgene file for Utg37

step2. online blast analysis1

query: Utig37:1-5176
subject: Schizosaccharomyces pombe (taxid:4896)
结果

Descriptions for Blast hits

hit 1-range 1: 446-5176 on query, II:458826-463561 on subject
hit 1-range 2: 218-429 on query,II:592887-592672(wtf2-down) on subject
hit1-range2

hit 2
hit2

step 3. online blast analysis 2:

query: Utig37:1-5176
subject:JB22_wts0403 interval

blast against JB22_wts0403 interval

结论:

这条序列属于wtf conserve down序列

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