生信学习第三天，今日份内容是如何在Linux系统安装软件。

以下内容来自微信公众号生信星球

linux的应用商店

• conda，相当于app store,包括了90%以上的软件
• Miniconda是conda的精华版，这里主要是安装Miniconda

准备工作

• 检查是否有bzip2（一种压缩软件或是命令），没有就安装
• yum install -y bzip2 #bzip2的安装命令

下载Miniconda

• 首先进入目录 （昨天的内容，cd 目录）
• wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装Miniconda

• bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #bash运行安装脚本
• 一路enter，见到yes/no,输入yes,enter

重要的事情说三遍
激活激活激活
source ~/.bashrc #激活conda
若满屏信息恭喜激活成功，若报错请重来
报错后删除miniconda这个目录，但不要删除安装包安装包安装包（重要事情说三遍），然后重新安装miniconda

• 添加镜像 ----使用清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

conda list #查看当前所有软件列表
conda search fastqc #搜索fastqc
conda install fastqc -y #安装fastqc
conda remove fastqc -y #卸载软件

Linux之软件安装