报错内容
$ hisat2 -p 8 --dta --known-splicesite-infile -x $index_path/$index \
-1 clean_data/Lim28/Lim28_1.fq.gz \
-2 clean_data/Lim28/Lim28_2.fq.gz \
-S 1_hisat2/${i}_align.sam
Error while flushing and closing output
terminate called after throwing an instance of 'int'
Error while flushing and closing output
terminate called recursively
(ERR): hisat2-align died with signal 6 (ABRT) (core dumped)
报错原因
github 截图
内存不够，清点内存就行了。
亲测成功！
写在后面
这个报错信息显示了四句话，检索一句两句，会检索出很多内容，有以下几个方面：
-
单端数据用成了双端的代码，或者反过来：要注意下
'-1 ... -2' or '-U' option的用法，单端用-U； -
双端数据，两个文件中的 reads 不相等：可以用
seqkit stat reads_1.fq.gz reads_2.fq.gz命令检查下两个文件是否相等 - 内存不足
这三种原因产生的报错内容很像，要注意动手试试，才能知道自己的报错是哪种原因。
