基本90%以上纯生信数据挖掘类文章都离不开这两个数据库,第一个就是GEO数据库,第二个就是TCGA数据库,这两个都是免费的公共数据库,用户可以免费进行下载数据分析整理并且发表相关文章。我们下载相关数据选择的物种基本上是human(GEO还有其他物种,TCGA的全部都是临床病人数据),研究涉及临床病人的话,期刊编辑往往让你提交伦理委员会批准证明文件,有些期刊编辑懂这些数据挖掘的话就不做要求,如果不懂的话,往往都是将论文打道回府,提交伦理委员会批准证明文件。
为了减少上面的麻烦,我们在论文中可以增加以下这几句话:
Acknowledgments
We acknowledge TCGA and GEO database for providing their platforms and contributors for uploading their meaningful datasets.
(如果没有基金挂的话,很多人都会写上None,在致谢部分其实我们可以感谢一下TCGA、GEO数据库,因为没有这些数据库,估计有很多人没有办法毕业或者评职称,不管怎么样,我们都是要感谢一下的。)
Disclosure
TCGA and GEO belong to public databases. The patients involved in the database have obtained ethical approval. Users can download relevant data for free for research and publish relevant articles. Our study is based on open source data, so there are no ethical issues and other conflicts of interest.
这里说的是纯生信数据挖掘类文章,如果是生信分析+临床样本验证类文章,是需要你提供相关伦理获批证明文件的,因为你收集了相关病人样本,涉及到了人,理应当要经过伦理委员批准后才能开展相关工作。有些人往往不重视伦理问题,拿到样本就去做研究了。这样做后果很严重,即使文章发表了也是没有用的,小的话就是文章被撤稿,大的可能整个课题组都被该期刊拉黑,特别是业内的权威期刊。