将大脑的认知功能分为“本能，直觉，现实模拟重组思维”三层。这三层都只能理解结构化了后的数据，并做出相应的反应。
本能所能使用的结构是存在于基因内的。看到蛇和蜘蛛会恐惧，看到性感的异性会下体充血，手指被烫会猛然缩回，看到深崖会恐惧。本能所能识别的结构是情绪和现实模拟重组思维的基础。它所能识别的结构是严格受限于基因存储限制的，除了极少数和生存极为相关的几个复杂结构外，本能能够识别的是大量的简单结构，识别后交由直觉和现实模拟重组思维处理。
直觉能够识别具像的结构。具像的意思是它能够直接在感官里展开。视觉带来空间感，听觉带来时间感。直觉能够储藏结构，以便以后使用。直觉型的模式识别容易导向巫术。巫术是有两方面的原因，一方面是冗余的结构无法被剔除(无法一一条件控制检验)，第二是因为时间和信息有限而无法做现实检验，第三是随机事件所呈现的假结构。
现实模拟重组是将本能提供的结构和直觉提供的结构在大脑提供的模拟器里操作，以组合，删减，抽象的方式抽取更复杂的结构。它的优势一方面在于它可以以归纳法迅速抽取抽象和复杂的结构，另一方面在于它可以创造自然所没有的结构，第三方面在于可以用语言把结构描述出来，而实现公共知识。
