1、DAVID 做基因转换、GO分析与KEGG分析与画图——https://david.ncifcrf.gov/summary.jsp
操作参考b站
2、biomart 做基因id转换等,还有很多功能有待开发——http://www.biomart.org/notice.html
这个还有R包,安装代码
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("biomaRt")
3、g:Profiler 做ID转换(可以从蛋白ID到各种id),go画图——https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert
转换id直接粘贴上去就好了,到处csv用excel打开。
GO画图还没用过,应该和其他的也差不多。
参考https://www.jianshu.com/p/7744cdb445f6
4、Agrigo 针对植物农学的,做go与kegg ——http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php
参考https://mp.weixin.qq.com/s/AqUJLeFn3m88TAcDYaCvAQ
5、metascape 基因/蛋白功能注释、富集分析在线工具详解——https://metascape.org/gp/index.html
参考https://mp.weixin.qq.com/s/i3dZutcOafMzfBB11qsBFQ
不过主要是人和鼠的,没有植物,我用不到。
6、bioDBnet 可以转化id注释等,有点慢——https://biodbnet.abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php
不晓得好不好用,太慢了。试了几个效果不是太好。可以蛋白到go、kegg等。
7、UniPort 自带的id转化工具——https://www.uniprot.org/uploadlists/
就挺一般的。
8、AgBase 直接 蛋白到GO注释——https://agbase.arizona.edu/
很棒,不过只能做蛋白go注释。
9、PlantGSEA 水稻基因id转化,LOC(MSU格式) to uniport,GO分析——http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA/analysis.php
10、PANTHER 应该是GO官方出的做GO分析,支持直接用uniport蛋白ID做分析——http://pantherdb.org/
11、RAP-DB 水稻常用网站,基因信息——https://rapdb.dna.affrc.go.jp/tools/converter
可以做基因ID转换,不过只是MSU与RAP格式。
12、KOBAS 做KEGG分析——http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/genelist/
参考这里通路富集工具——KOBAS 3.0