seqtk 用于随机reads 抽提
安装:
conda install seqtk
如果没有安装conda , 先安装conda ,或者直接下载seqtk 安装包,进行安装
seqtk seq -s11 read1.fq.qz 60000 >sub1.fq.gz
seqtk seq -s11 read2.fq.qz 60000>sub2.fq.gz
参数:-s 表示种子,-s 如果设置不一样,抽提出来的数据是不同的,默认值为11
“60000” 表示reads 数目,也可以用比例
例如深度10000X 抽提到2000X ,可以用0.2
seqtk seq -s11 read1.fq.qz -f 0.2 >sub1.fq.gz
seqtk seq -s11 read2.fq.qz -f 0.2 >sub2.fq.gz
ps. 运行速度比python脚本快多了