在查找了相当一部分资料发现，NEGAHIT对于微生物的无参组装比较适合，在SOAP denovo官网网页都有说明。

安装

使用conda直接安装

conda install megahit

然后检查是否安装成功：

megahit -h

使用

megahit -1 Cau_R1.fq.gz -2 Cau_R2.fq.gz -o out --out-prefix Cau
-1 、-2  #双短测序数据
-o  #输出文件夹
--out-prefix  #输出文件前缀
--min-contig-len  #设定输出contig最小值
--keep-tmp-files #保留所有中间文件
--tmp-dir #设定临时目录
--12  #交错的双端PE序列
-r/--read # 单端SE的序列文件

跑完之后文件夹中会出现这几个文件，其中final.contigs.fa为最终组装的文件

image.png

出现的问题

image.png

在snakemake脚本中执行时，出现megahit: Output directory already exists, please change the parameter -o to another value to avoid overwriting这种错误，在执行命令后添加-f 参数强制覆盖即可解决。