孝慈高皇后马氏，讳失考，元至顺三年生于南直隶凤阳府宿州（今安徽宿州），宋太保马默之后也。默公为北宋循吏，仁宗朝进士，官至宝文阁待制，卒赠太子太保。
靖康之变，默公裔孙避金寇南徙，遂家宿州，是为后之先世。后父马公，居宿州闵子乡新丰里，素乐善好施，家道由是中落；母郑媪，诞后未久即逝。马公无他子，独钟爱后，视若掌珠。后少聪慧，通诗书，善绘事，尤精史乘，性婉而有刚气。
值元末，马公以仇杀避祸远方，临行，以爱女托生死交郭子兴。未几，马公客死异域，子兴夫妇怜后孤苦，收为养女。
子兴授以经史，夫人张氏教以针黹。后年十数，颖悟过人，凡所指授，辄能领解；及笄，容仪端秀，神情温婉，虽处急难，举止从容，子兴夫妇益爱重之，思为择佳婿。
元至正十二年，政乱民困，红巾军起。子兴于定远举义，下濠州，自称元帅。钟离朱元璋往投，元璋骁勇有谋，战则先登，所得俘获悉献子兴，赏赐则分与部曲，由是名闻军中。
子兴察其非凡，引为心腹，遂以养女妻之。婚后，后与元璋相得甚欢，常随元璋征伐，内赞机务，外安人心。
元璋有侄文正、甥文忠，及定远孤儿沐英，后皆收为养子，躬自抚育，视如己出，复收养义子二十余人，元璋深嘉之。
子兴虽重元璋，然性躁多忌，好听谗言，数疑元璋，尝加呵责。一日，子兴怒，囚元璋于空室，不与食。
后知之，密自厨中窃炊饼，怀之以进，肌肤为饼热所灼，竟不自知。又出私财赂子兴妻张氏及妾，令为元璋缓颊，弥缝嫌隙，元璋乃得免。
及元璋南下，后掌往来文书，条理井然，又常劝元璋勿扰百姓、勿滥杀戮，元璋多从其言。
至正十五年，元璋引兵渡江，后与将士家眷留居和州。时江路为元军所断，和州孤悬，后抚慰眷属，激励将士，人心始定。及下集庆（今南京），军需孔亟，后亲为将士制衣履。至正二十年，陈友谅举兵东下，逼江宁，元璋亲往御之。
城中官民或欲遁逃，或窖藏货粟，后独镇静，尽出私藏金帛犒军，军心遂安，卒助元璋破敌。相传此战元璋为敌所追，负伤不能行，后亲负之逃，太子朱标尝绘此图藏于怀，后元璋怒逐标，标遗图于地，元璋见之，恸哭而止。
洪武元年正月，元璋即帝位于应天府，国号大明，建元洪武，册立马氏为皇后。帝初欲行宝钞，屡有阻滞，夜梦人言“需取秀才心肝”，帝惑之。后进言：“所谓心肝，乃秀才之文章也。”帝悟，命取诸生著述参研，宝钞遂成。
后有五子，周定王橚最幼，性放诞。橚就藩开封，后深忧之，遣江贵妃从行监护，授以己之旧布衣及木杖，诫曰：“王有过，可披此衣杖之；若敢违，速驰报朝廷。”橚见衣杖，常怀敬畏，终不敢肆
。后教诸子，以严为爱；待宁国、安庆二公主，亦诫以勤俭，毋恃贵而废业。于义子沐英、李文忠等，仍慈恤备至，恩同己出。
诸王师傅李希颜，性严，尝以小王顽劣，用笔管戳其额。小王泣诉于元璋，元璋怒，欲罪希颜。后急谏曰：“希颜以圣人之道教吾子，何罪之有？”元璋悟，不仅免罪，复擢希颜为左春坊右赞善。
后既为后，仍躬亲庶务，日理帝膳，皇子皇孙衣食，亦必躬自检视。宫人有孕者，后加意体恤；嫔妃偶忤帝意，后辄从中调停。治宫事，必稽古训，尤重宋世贤后，命女史录其家法，日夕省览。
或谓宋后过仁，后曰：“仁厚岂不胜刻薄哉？”尝问女史：“黄老之学何旨？汉窦太后何以好之？”女史对曰：“黄老主清静无为，弃仁义而尚孝悌。”后曰：“孝悌即仁义，岂有弃仁义而能孝悌者乎？”其明达如此。
帝尝怒责宫人，后亦佯怒，命送宫正司治罪。帝问故，后曰：“帝王赏罚，不当以喜怒为轻重。付之宫正，可据法持平，陛下亦当付有司也。”
后居宫，躬行节俭，所服衣屡浣屡补，不忍弃。闻元世祖察必皇后煮弓弦织帛之事，大受启发，乃于宫中置织机，亲织绸帛、缎被，以赐孤寡老人；余布则裁为衣，赐王妃公主，诫曰：“汝曹生长富贵，不知纺织之艰，当惜物力。”
帝御前殿决事，或震怒，后待帝还宫，必从容进谏，以理折之，由是多所宽宥。参军郭景祥守和州，或诬其子持槊欲弑父，帝怒，欲诛之。后曰：“景祥止一子，诬言未必实，诛之恐绝其嗣。”
帝察之，果冤，遂释之。义子李文忠守严州，杨宪诬其不法，帝欲召还。后曰：“严州当敌冲，易将非宜；且文忠素贤，宪言不可信。”帝乃止，文忠后竟立大功。
学士宋濂，以孙慎坐事连坐，论死。后谏曰：“布衣延师，尚终身敬之，况天子乎？濂居乡，必不知其事。”帝不听。
他日，后侍帝食，不御酒肉。帝问故，后曰：“妾为宋先生祈福也。”帝恻然，明日释濂，徙茂州。吴兴富户沈万三，助筑都城三之一，复请犒军，帝怒曰：“匹夫犒天子军，乱民也，当诛！”后曰：“法者诛不法，非诛不祥。民富敌国，天必灾之，陛下何诛焉？”万三乃得免死，戍云南。
帝尝命重刑徒筑城，后曰：“罚役赎罪，国之仁也，然囚徒已疲，复加重役，恐多死。”帝遂尽释之。
后尤重人才，尝问帝：“太学弟子几何？”帝曰：“数千人。”后曰：“人才济济，然弟子有廪禄，其妻子何恃？”帝从其请，设红仓二十余所，储粮以养诸生家眷，诸生莫不感德。
又尝问帝：“今天下民安否？”帝曰：“此非后所当问。”后曰：“陛下为天下父，妾为天下母，子民安否，妾安能不问？”每遇灾年，后必率宫人食粗粝，为百姓祈祷。帝告以赈灾事，后曰：“赈灾不如积储为先。”朝臣奏事毕，宫中赐食，后必先尝，若味不佳，谓帝曰：“人主自奉宜薄，待臣下宜厚。”帝由是整饬光禄寺。
帝既登极，欲封后族官爵，后固辞曰：“分封外戚，非国法所许。”帝乃止。然每语及父母早亡，后常涕泗交颐。洪武十五年八月，后寝疾。群臣请祷祀，求良医。
后谓帝曰：“死生有命，祷祀何益？医能活人乎？若药不效，恐以妾故罪诸医。”及疾笃，帝问所欲言，后曰：“愿陛下求贤纳谏，始终如一，子孙贤明，群臣百姓有依。”
是月丙戌，后崩，享年五十一，葬明孝陵，谥孝慈皇后。帝痛悼甚，遂终身不复立后。永乐元年，加谥孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后；嘉靖十七年，复加谥孝慈贞化哲顺仁徽成天育圣至德高皇后。
关于后之子嗣，史载不一。《明史》谓后生五子二女：懿文太子标、秦愍王樉、晋恭王棡、成祖棣、周定王橚，及宁国、安庆二公主。然明末潘柽章《国史考异》称，仅棣、橚为后所生；郎瑛《七修类稿》谓后止二子，鲁府玉牒可证。
《南京太常寺志》则云：“懿文太子、秦、晋二王，淑妃李氏所生；成祖，碽妃所生；周定王，孙贵妃所生。”朱彝尊《静志居诗话》、李清《三垣笔记》亦从其说，谓后未尝有孕。或云成祖夺位后，托言嫡子以正名，故篡改史料，真伪难辨矣。
又考后之祖籍，《明实录》载“后之先，自宋太保默家，子宿州闵子乡新丰里”。默公乃山东成武人，其裔南渡后家宿州。经实地考证，默公原籍为成武县苟村集镇待侍寺刘庄村，村西“待侍寺”原系“待制祠”，为默公家族祠堂（默尝官宝文阁待制），后因音讹为“待侍寺”，故后之祖籍实为此地。
马后以孤女位极中宫，持家若寒门主妇，谋国似朝堂诤臣。怀饼救夫见伉俪情深，纾难护士显仁智本色。虽谥号累增而民称“我佛妈妈”更见真心，实开大明三百年坤范先声。至若身世浮沉，犹存待制祠讹音待侍寺，恰似后德馨香，隐显千年。
