建立文件夹
mkdir -p ~/biosoft
切换到新建文件夹
cd ~/biosoft
下载示例数据（注：本次通过wget尝试两次均没有下载成功，不知是不是网速问题，用的是腾讯云服务器，最后通过https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3在浏览器中下载，通过文件传输上传至服务器。
wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip
解压文件
unzip bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip
切换到目标文件夹
cd ~/biosoft/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/example/reads
- 统计reads_1.fq文件中共有多少条序列信息
less reads_1.fq | wc -l
cat reads_1.fq | wc -l
- 输出所有的reads_1.fq文件中的标识符（即以@开头的那一行）
less reads_1.fq | paste - - - - |cut -f 1
- 输出reads_1.fq文件中所有序列信息（即每个序列的第二行）
less reads_1.fq | paste - - - - |cut -f 2
- 输出以‘+’及其后的描述信息（即每个序列的第三行）
less reads_1.fq | paste - - - - |cut -f 3
- 输出质量值信息（即每个序列的第四行）
less reads_1.fq | paste - - - - |cut -f 4
- 计算reads_1.fq文件含有N碱基的reads数
less reads_1.fq | paste - - - - | cut -f 2 | grep 'N' | wc -l
- 统计文件中reads_1.fq文件里面的序列的碱基总数
less reads_1.fq | paste - - - - | cut -f 2 |wc
- 计算reads_1.fq所有的reads中N碱基的总数
less reads_1.fq | paste - - - - | cut -f 2 | grep -o 'N' | uniq -c
less reads_1.fq | paste - - - - | cut -f 2 | grep -o 'N' | wc
- 统计reads_1.fq中测序碱基质量值恰好为Q20的个数
less reads_1.fq | paste - - - - | cut -f 4 | grep -o '5' | uniq -c
less reads_1.fq | paste - - - - | cut -f 4 | grep -o '5' | wc -l
- 统计reads_1.fq中测序碱基质量值恰好为Q30的个数
less reads_1.fq | paste - - - - | cut -f 4 | grep -o '?' | uniq -c
- 统计reads_1.fq所有序列的第一位碱基的ATCGatcg分布情况
less reads_1.fq | paste - - - - | cut -f 2 | grep -o ^[ATCGatcg] | sort | uniq -c
- 将reads_1.fq转化为reads_1.fa文件（即将fastq转化为fasta)
less reads_1.fq | paste - - - - | cut -f 1,2| tr '\t' '\n' | tr '@' '>' > reads_1.fa
less reads_1.fq | paste - - - - | cut -f 1,2 | tr '@' '>' | tr '\t' '\n' > reads_1.fa
13.统计上述reads_1.fa文件中共有多少条序列
less reads_1.fa | paste - - |cut -f 2| wc -l
- 计算reads_1.fa文件中总的碱基序列的GC数量
less reads_1.fa | paste - - | cut -f 2 | grep -o [GC] | sort | uniq -c
less reads_1.fa |paste - - | grep -v '>' | grep -o [GC] | sort | uniq -c
- 删除reads_1.fa文件中的每条序列的N碱基
less reads_1.fa | paste - - | cut -f 2 | sed 's/N//g'
- 删除reads_1.fa文件中的含有N碱基的序列
less reads_1.fa | paste - - | cut -f 2 | grep -v 'N'
- 删除reads_1.fa文件中的短于65bp的序列
cat reads_1.fa |paste - - |awk 'length($2) >= 65 { print $0}'|tr '\t' '\n'
cat reads_1.fa |paste - - |awk '{if (length($2) >= 65) print $0}'|tr '\t' '\n'
- 删除reads_1.fa文件每条序列的前后五个碱基
cat reads_1.fa |paste - - | tee -a paste.fa|cut -f 2 | sed s/^.....//g | sed s/.....$//g |paste paste.fa -| awk '{print $1 "\t" $3}' |tr '\t' '\n'
- 删除reads_1.fa文件中长于125bp的序列
cat reads_1.fa |paste - - |awk ' length($2) < 125 {print $0}' |tr '\t' '\n'
cat reads_1.fa |paste - - |awk '{if ( length($2) < 125) print $0}' |tr '\t' '\n'
- 查看reads_1.fq中每条序列的第一位碱基的质量值的平均值
less -SN reads_1.fq |paste - - - -|awk ' {print $4}'|cut -c 1|perl -alne '{print ord($_)-33}'|paste -s -d+|bc
less -SN reads_1.fq |paste - - - -|awk ' {print $4}'|cut -c 1|perl -alne '{print ord($_)-33}'|paste -s -d+|bc | awk '{print (($0/10000))}'
