转录组分析之韦恩图

peace.jpeg

介绍一款在线工具,用来绘制韦恩图

1. 什么是韦恩图?

维基百科的简单介绍,简单概括就是表现不同组事物之间的集合重叠部分的简单可视化呈现。本来是数学分支集合论中的用来表示集合的草图,在生物学中,很多时候我们都用来分析不同处理的转录组样本,中共同上调或下调的重叠基因集合。

约翰·维恩是19世纪英国哲学家数学家,他在1881年发明了文氏图。文氏图(英语:Venn diagram),或译Venn图温氏图维恩图范氏图韦恩图等,是在集合论数学分支中,在不太严格的意义下用以表示集合的一种草图。它们用于展示在不同的事物群组(集合)之间的数学逻辑联系,尤其适合用来表示集合之间的“大致关系”,它也常常被用来帮助推导(或理解推导过程)关于集合运算(或类运算)的一些规律。

植物不同器官的重叠基因

2. 如何绘制Venn diagram

目前来看,对于不会R语言的朋友来说,在线工具是最方便的。这里,我推荐一个在线网站:http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

  • 首先看一下整个网页的内容:


    jvenn
  • 其实只要简单复制和黏贴就可以绘制完成,感觉任何人都可以哈,包括我自己。

  1. 将你需要绘制的基因ID组复制粘贴到list中,最多可以放6组,但是我觉得一般都不会放那么多。


    两组番茄的ID
  2. 速度很快,你可以马上看到结果。感觉还不错,而且你点击右上角的三条杠,会出现下载的图片格式,根据需要进行下载。


    集合结果
  3. 如果你需要知道,其中5个基因是哪些呢?当然可以直接显示,你在数字5上单击左键,将网页拖到最下面,你可以看五个基因ID。方便进行进一步的分析和研究。


    共有的ID

到此,在线的韦恩图绘制结束,是不是超级简单,当我看到这样的网站的时候,我也还是有些兴奋的,因为不怎么会用R语言,对大多数人来说应该是个福音。继续探索各种方便作图和分析的在线工具,不断地分享,帮助有需要的人同时也提高自己,何乐而不为呢?
我想说:真得很惭愧,已经太久太久没有记笔记,去分享各种自己经历的困难和成功。太久,我都快忘记怎么使用markdown语法了,今天终于抽空分享一点这两天遇到的一些东西,想分享给大家。

3. 想做的事

8月份接下来的时间里,我想开始分享一些我经常在用的一些网站,一些在线工具。这是今天在写这篇笔记的时候,突然想到的事情,为什么不把自己常用的这些在线工具分享出来呢?不定期分享吧,可能实在也没有特别多的时间来写,有空的时候就写一点。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 204,293评论 6 478
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,604评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 150,958评论 0 337
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,729评论 1 277
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,719评论 5 366
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,630评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,000评论 3 397
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,665评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,909评论 1 299
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,646评论 2 321
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,726评论 1 330
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,400评论 4 321
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,986评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,959评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,197评论 1 260
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 44,996评论 2 349
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,481评论 2 342

推荐阅读更多精彩内容

  • 韦恩图 维恩图是用来反映不同集合之间的交集和并集情况的展示图。一般用于展示2-5个集合之间的交并关系。集合数目更多...
    生信宝典阅读 3,642评论 0 3
  • 这样的暴雨,就像是要洗净这个世界的污垢,把一切都冲散一样,让人觉得神清气爽。 路上的行人匆匆,大家拿着各色的伞在移...
    等喵来阅读 160评论 0 0
  • 黑夜投下她的网 捕捉那些睁着眼睛的人
    江三水阅读 111评论 1 2
  • 我经常出差,每年要飞来飞去很多次。但我只要在上海,都会坚持做一件事:每天早上,送我的儿子小米去上学。 小米的学校离...
    与宝贝儿同行阅读 716评论 0 0
  • 译者:去年Google发布了有史以来最贵的一部手机——Pixel,在媒体都在关注CPU、摄像头等硬件之外,Goog...
    译想空间Alpha阅读 1,752评论 0 0