安装环境： ubuntu16.04
步骤一：安装R语言
步骤二：安装CloneVB_1.0.tar
步骤三：安装samtloos
安装地址：http://www.010lm.com/roll/2016/0620/2343389.html
步骤四：下载Var Scan2
步骤五：下载参考序列文件ref.fa
下载地址：http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html#human
步骤六：用samtools对样本进行排序等处理
##利用samtools分别对normal样本和tumor样本的bam格式文件进行排序
$ samtools sort tumor.bam tumor.sorted
$ samtools sort normal.bam normal.sorted
##利用samtools对排序后的bam文件建立索引（tumor.sorted.bam及其索引在同一文件夹下）
$ samtools index tumor.sorted.bam
$ samtools index normal.sorted.bam
##利用samtools生成pileup文件(ref.fa为参考序列文件)
$ samtools mpileup -f ref.fa normal.sorted.bam > normal.pileup
$ samtools mpileup -f ref.fa tumor.sorted.bam > tumor.pileup
##使用VarScan2得到后缀为snp和copynumber文件
$ samtools mpileup -q 1 -f ref.fa normal.sorted.bamtumor.sorted.bam | java -jar VarScan.jar copynumber output --mpileup 1--min-segment-size 100 --max-segment-size 200
$ java -jar VarScan.jar somatic normal.pileup tumor.pileup output--min-coverage-tumor 1 --somatic-p-value 0.01 --min-var-freq 0.05--min-freq-for-hom 0.3
