rethinking package 查看后验分布的主要代码

本文所有代码均来自于《统计反思-用R和stan例解贝叶斯方法》

假期中,为学习贝叶斯模型花费了一些时间,虽然没有领悟到贝叶斯模型的真谛,但学习中确实感到有一定的进步。我的理解是有知识的输出才能帮助我更好地学习模型,因此今天选择把学习中的一些常常忘记的东西总结下,也希望这个系列的文章可以帮助后来人。

今天的这部分内容主要针对常用的代码:

1. 多维高斯分布中抽取取值向量

post<-extract.samples(m4.1,n=1e4)

可以提取后验分布中所有的样本及其对应的参数值

2. 查看最大后验概率

precis(m4.2)

3.利用后验数据预测

mu<-link(m4.3,data=pre.data)

可进行利用该模型进行再次预测

link 可生成相应中间变量(例如平均身高)的后验样本分布,link 默认使用拟合模型时的数据,但可以自定义向量值赋予函数,得到相应的自变量取值下的后验分布。

apply(mu,2,mean)

apply(mu,2,PI,prob=0.89)

后续可通过apply函数得到相应的均值,区间上下限。再通过lines及shade添加到图上,方便理解。

4.真实值的预测区间

sim.height<-sim(m4.3,data=pre.data)

这一步获取的是最终预测变量的区间,link得到的是中间变量(平均身高),而sim得到的是最终变量(真实身高)。

5. 模型比较阶段的主要函数

可以用

WAIC(m6.11)

得到模型的WAIC和DIC,但遇到多个模型进行比较时:

compare(m6.11,m6.12,m6.13)

比较结果中,WAIC值越小越好,pWAIC是有效参数的个数估计,提供模型拟合样本的灵活度,dWAIC,进行偏差比较,weight是每个模型的权重,

coeftab(m6.11,m6.12,m6.13)

可用于比较不同模型的参数。

6. 若想得到多个模型的平均后验,可通过

ensemble (m6.11,m6.12,m6.13,data=pre.data)

获取,ensemble的用法与link 和sim类似。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 204,293评论 6 478
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,604评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 150,958评论 0 337
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,729评论 1 277
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,719评论 5 366
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,630评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,000评论 3 397
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,665评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,909评论 1 299
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,646评论 2 321
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,726评论 1 330
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,400评论 4 321
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,986评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,959评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,197评论 1 260
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 44,996评论 2 349
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,481评论 2 342

推荐阅读更多精彩内容