1.查找物种的Taxid号
在NCBI上的Taxonomy 上找到Taxonomy Tools 的 Name/ID Status :(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/TaxIdentifier/tax_identifier.cgi)
在选择文件一栏,将species_name列表文件输入,即可得到taxid。
2.统计染色体数目
将species_name列表转换成A or B or C or D这种形式,然后在NCBI的genome上进行搜索,summary里面含有相关信息,可以send to文件进行查看某物种的染色体数目信息。
3.统计基因组大小
将想要统计的物种的基因组序列的名称整理成一个list,然后利用seqkit小软件进行统计:
for i in `cat list.txt`
do
seqkit stat ${i}
done
得到的统计结果也包含一些其他的相关信息。