infercnv错误 Error in FUN(left, right) : non-numeric argument to binary operator

• 如果在报错前出现以下两条INFO信息：

INFO [2023-12-21 13:06:50] Parsing gene order file: gencode.v32_gene_pos.txt
INFO [2023-12-21 13:06:50] ::order_reduce:Start.
Error in FUN(left, right) : non-numeric argument to binary operator

• 说明基因注释文件的格式不对。

原因和解决方法

• 在infercnv_1.18.1及1.19.1的版本中，出现此错误的位置是which(genomic_position[2] + genomic_position[3] == 0)

 flog.info(paste("::order_reduce:Start.", sep=""))
    ret_results <- list(expr=NULL, order=NULL, chr_order=NULL)
    if (is.null(data) || is.null(genomic_position)){
        return(ret_results)
    }

    # Drop pos_gen entries that are position 0
    remove_by_position <- -1 * which(genomic_position[2] + genomic_position[3] == 0)
    if (length(remove_by_position)) {
        flog.debug(paste("::process_data:order_reduce: removing genes specified by pos == 0, count: ",
                                length(remove_by_position), sep=""))

        genomic_position <- genomic_position[remove_by_position, , drop=FALSE]
    }

    # Reduce to genes in pos file

    flog.debug(paste("::process_data:order_reduce: gene identifers in expression matrix: ",
                            row.names(data), collapse="\n", sep=""))

• 说明基因注释文件的第二列和第三列有非数值类型non-numeric的元素出现，大概率是因为你的基因注释文件如下，有表头header：

         chr  start   stop
DDX11L1 chr1  11869  14412
WASH7P  chr1  14363  29806
FAM138A chr1  34554  36081
OR4F5   chr1  69091  70008
OR4F29  chr1 367640 368634
OR4F16  chr1 621059 622053

• 通过broad研究所gtf_to_position_file.py准备的注释文件是没有header的
• 并且，infercnv读取基因注释文件时的代码如下，也就是说不能有header，否则header的值会作为第二列和第三列的值，也就是出现了charactor类型：

gene_order <- read.table(gene_order_file, header=FALSE, row.names=1, sep="\t", check.names=FALSE)

• 因此，在基因注释文件中应该删去header

DDX11L1 chr1  11869  14412
WASH7P  chr1  14363  29806
FAM138A chr1  34554  36081
OR4F5   chr1  69091  70008
OR4F29  chr1 367640 368634
OR4F16  chr1 621059 622053