apt-get安装

需要root权限

##更新apt-get
sudo apt-get install update
##安装软件
sudo apt-get install hisat2
##测试是否安装成功
hisat2 -h
##卸载已安装的软件
sudo apt-get remove hisat2

安装结果

使用hisat2 -查看帮助文档.jpg

源码安装

进入Hisat2下载界面https://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/，右键复制源码链接https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/fE9QCsX3NH4QwBi/download

复制下载链接

##下载源码资源
wget https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/fE9QCsX3NH4QwBi/download
##解压并删除下载文件
unzip download
rm download
##切换工作路径
cd hisat2-2.2.1
##编译
make

结果

执行make开始编译

预编译安装

进入Hisat2下载界面https://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/，
右键复制下载路径https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/oTtGWbWjaxsQ2Ho/download

复制下载链接

##使用wget下载
wget https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/oTtGWbWjaxsQ2Ho/download
##解压并删除下载文件
unzip download
rm download
##设置环境变量
echo 'export PATH=~/hisat2-2.2.1:$PATH' >> ~/.bashrc
##让环境变量生效
source ~/.bashrc
##运行hisat2
hisat2

结果

下载并解压

运行hisat2