下载最新版SRAtoolkit：
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.3/sratoolkit.2.10.3-ubuntu64.tar.gz
#解压缩
tar -xzvf sratoolkit.2.10.3-ubuntu64.tar.gz
#进入环境变量修改PATH
sudo vi /etc/profile
# export PATH=$PATH:/home/zhiwufy/sratoolkit.2.10.3-ubuntu64/bin
#移除安装包
rm sratoolkit.2.10.3-ubuntu64.tar.gz
下载安装FastQC
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip
unzip fastqc_v0.11.9.zip
cd FastQC
sudo chmod 777 fastqc
#进入环境变量修改PATH
sudo vi /etc/profile
# export PATH=$PATH:/home/zhiwufy/FastQC
source /etc/profile
# -o结果输出目录 -t 线程设置 -q --quiet 安静运行模式，一般不选这个选项的时候，程序会实时报告运行的状况
fastqc -o /mnt/d/transcript/ /mnt/e/transcript/PRJNA355201/SRR5066026.1_1.fastq
#报告含有html 和zip格式文件两个
下载并安装最新hisat2
在下面地址下载最新版
https://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/
wget https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/hisat2-220-Linux_x86_64/download
unzip download
rm download
#修改PATH
sudo vi /etc/profile
export PATH=$PATH:/home/zhiwufy/hisat2-2.2.0
下载并安装trimmomatic
在此网站http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic下载Trimmomatic的binary解压后得到trimmomatic-0.38.jar
各种操作都是用java调用这个jar包
运行需要Java运行环境,如果没有需要自行安装(命令仅供参考):
sudo apt-get install default-jre
java -v
#单端测序分析 24线程
java -jar trimmomatic-0.35.jar SE -threads 24 -phred33 input.fq.gz output.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-SE:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
#双端测序分析 24线程
java -jar trimmomatic-0.35.jar PE -threads 24 -phred33 input_forward.fq.gz input_reverse.fq.gz output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
SAMtools 编译安装（当然还有其他方式）
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2
tar -jxvf samtools-1.10.tar.bz2
cd samtools-1.10
./configure
#这一步提示出错，需要添加编译环境和依赖
sudo apt install build-essential
sudo apt-get install libncurses5-dev
sudo apt-get install zlib1g-dev
sudo apt-get install libbz2-dev
sudo apt-get install liblzma-dev
#不同的人提示不一样，直接用sudo apt-get install 安装提示缺少的库即可
#再次运行./configure
./configure
make
sudo make install
rm samtools-1.10.tar.bz2
bcftools编译安装(和samtools一样，但是不需要重新下载依赖)
wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.10.2/bcftools-1.10.2.tar.bz2
tar -jxvf bcftools-1.10.2.tar.bz2
cd bcftools-1.10.2
./configure
make
rm bcftools-1.10.2.tar.bz2
安装stringtie
#github源代码编译安装
git clone https://github.com/gpertea/stringtie
cd stringtie
make release
sudo vi /etc/profile
export PATH=$PATH:/home/zhiwufy/stringtie
ubuntu16 安装 ballgown 用于差异表达分析
apt-get install r-base
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev
#接下来运行R环境
R
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ballgown")
#然后，根据 Steven L Salzberg 提供的流程还要安装其他几个包（先装了，不知道怎么用）：
#1. library(dplyr)
install.packages('dplyr')
#2. library(devtools)
install.packages('devtools')
#3. library(genefilter)
source('https://bioconductor.org/biocLite.R')
biocLite('genefilter')
#4. library('RSkittleBrewer')
devtools::install_github('RSkittleBrewer', 'alyssafrazee')
