历时了4天，终于跑通了，耶！
这里要注意
1、vegas2v2运行前一定要加perl
2、需要分析的变异（也就是-snpandp后面跟着的文件），必要要有rsID号，否则不能识别
3、-custom 后面的基因型数据不能有PAR系列染色体的数据，否则后面无法分析
4、glist文件里面的X、Y染色体需改为23、24，写个python脚本即可，同时里面XY染色体的基因去掉
5、vegas2v2在运行的过程中还有一个错误，if mvtnorm and corpcor R packages exist...Error: Missing R library: VEGAS requires corpcor and mvtnorm to run，后面排查后发现是这两个R包所在的Rlibrary的路径没有加到环境变量里，用export添加一下即可
心得：vegas2v2的离线版本分析和web上的分析不同的是，可以灵活定义基因区间，其他的没有发现不同之处，如果没有基因区间定义的需求，最好还是考虑web在线版本分析，因为不断的报错真的是心塞。。。。
