剑桥大学成立于1209年，最早是由一批为躲避殴斗而从牛津大学逃离出来的老师建立的。他们争取到王室和教会的保护，1225年前后，从他们当中选出了一位校长，得到亨利三世国王的批准，大学的自主管理由此而来。亨利三世在1231年授予剑桥教学垄断权。直到19世纪，600多年间牛津和桥都是英国仪有的大学。
剑桥大学一开始没有自己的房子，在和来的房子里讲课和生活，哪里有地方就在哪里和中世纪所有的欧洲大学一样,创桥基木课程设有七门“文科”;语法、逻辑学和修辞学三学算术、音乐、天文学和几何学四学，另有三门哲学，去学、道德哲学和自然哲学。七年学习通过了文科考试就成了文科硕士，有权授课。如果想成为法学、医学成或神学博士，在王室或教会发展，就得再熬过十年一共17年。
剑桥大学曾有许多特权，如监督剑桥镇集市和年市的度量衡、秤陀和生活用品价格甚至检查城市市民的业余活动，足球和演戏、斗鸡和斗熊，1856年这些权利才停止。而另一项不让学生们妥到最危险的诱感的古老权利即批准速捕妓女和演戏的权利保持到1894年。最后的特权一一颁发葡萄酒许可证的权利到21世纪初才终止。
人文主义思想传播后，原始资料研究取代了中世纪的经院哲学，重心从神学转到雄辩术，从培养牧师转到培养有学问的国家栋梁。剑桥赢得的巨额捐助，学生的增多，人道主义的教学计划，这些使剑桥在几年内上升为一所欧洲顶级的大学，首先是和牛津处于同等水平。
中世纪欧洲存在复杂的宗教斗争，剑桥的一些师生也曾陷入。到女王伊丽莎白一世时期，大学渐渐地巩固了地位，这位女王引进了院士必须独身的戒律，只有院长例外。1570年起禁止结婚的命令被纳入剑桥大学的规定，这个规定一直延续到1861年。
