研究背景
维恩图(Venn diagram),也称韦恩图、文氏图、温氏图,是利用集合分类的原理将特定的数据进行分类或归类。
在生信分析中,Venn图可用于统计多组或多个样本中共有和独有的物种的(OUT、Gene)数目,可以比较直观的展现不同环境样本中物种的OTU或者样本之间的Gene组成相似性及重叠情况,一般用于2~7组数据的比较分析。绘出的图一般长这样:
分析方法
实战演练
# 读入数据
df = readFlie('./venn.txt',type = 'txt',row = F)
# 抽取数据,制造测试数据
set.seed(1234)
df_list = list('Symbol1'=sample(df$symbol,180),'Symbol2'=sample(df$symbol,200),
'Symbol3'=sample(df$symbol,220),'Symbol4'=sample(df$symbol,240),
'Symbol5'=sample(df$symbol,260),'Symbol6'=sample(df$symbol,280),
'Symbol7'=sample(df$symbol,300))
# 绘制venn图
## 4维veen图
fg_4 = wn_venn(df_list[1:4])
## 5维veen图
fg_5 = wn_venn(df_list[1:5])
## 7维veen图
fg_7 = wn_venn(df_list)
# 保存图片
savePlots(path = './fg_4.pdf',plot = fg_4,type = 'pdf',width = 10,height = 10)
savePlots(path = './fg_4.png',plot = fg_4,type = 'png',width = 10,height = 10,dpi = 300)
savePlots(path = './fg_4.tiff',plot = fg_4,type = 'tiff',width = 10,height = 10,dpi = 600)
pdf('./fg5.pdf',width = 10,height = 10)
fg_5 = wn_venn(df_list[1:5])
dev.off()
pdf('./fg7.pdf',width = 10,height = 10)
fg_7 = wn_venn(df_list)
dev.off()
获取资源
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