tophat2{官网下载}
首先安装好bowtie2
下载地址：http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/
下载（最新版本的）
解压：unzip bowtie2-2.3.3-linux-x86_64.zip
cd bowtie2-2.3.3-linux-x86_64
（由于这个已经是编译好的）
（将bowtie2 bowtie2-build bowtie2-inspect拷贝到你安装目录下的bin中）cp -abowtie2* /usr/local/bin(你也可以用export命令添加环境变量：exportPATH=$PATH:/home/mars/download/bowtie2-2.2.3/———这个命令在每次使用tophat，你都要export一次)（可以修改/root/.bashrc文件里面你新增的路径或者修改/etc/profile文件删除不需要的路径）
点击下载后，解压：tar zxvf tophat-2.0.12.Linux_x86_64.tar.gz
