双脱氧法的核心技术就是在DNA聚合酶合成DNA链的过程中按一定比例掺入双脱氧核苷酸（ddNTP)，导致DNA链在掺入ddNTP时终止延伸。理论上所有的位点均有可能掺入双脱氧核苷，从而产生终止于任何一个位点的寡核苷酸片段，每个片段的3’末端都是一个双脱氧的核苷酸残基，因为四种ddNTP上各有一种发光基团，在最后的识别中通过收集到的荧光信号就能够确定末端的ddNTP。
上机测序：先在毛细管中注入丙烯酰胺溶液，丙烯酰胺在紫外线的电离作用下发生聚合反应变成聚丙烯酰胺凝胶，将DNA片段混合物加入到有聚丙烯酰胺凝胶的一端，在毛细管的两端加上电压进行电泳，在毛细管的正极的末端用激光照射，经过光学传感器记录荧光信号。
BigDye试剂中包括四种荧光标记的ddNTP，dNTP，DNA聚合酶，镁离子，PH缓冲液等。
序列分析（Sanger 测序）：
1、荧光染料在ddNTP上；
2、体系中含有荧光标记的ddNTP和未标记的dNTP；
3、不同碱基用不同颜色的荧光进行标记；
4、获得一系列长度相差为1bp的片段。
SNaPshot:
1、荧光染料在ddNTP上；
2、体系中只含有荧光标记的ddNTP；
3、不同碱基用不同颜色的荧光进行标记；
4、获得引物延伸1bp的产物片段。
片段分析：
1、荧光染料结合在引物上；
2、体系中只含有未标记的dNTP；
3、片段长度相近的不同目的片段用不同颜色标记其引物；
4、获得特定的目的片段。
