【GSAman 使用记录】

这里是佳奥！

这里记录一些我使用GSAman 的心得。

1、.gsaman文件

选择一个.gff3文件，直接修改文件后缀为.gff3.gsaman

把修改后缀的文件拖入即可，会创建索引文件

2、选择.gsaman的注释片段

右键 Copy CDS查看是否ATG开头，TAG结尾

右键 Copy mRNA序列，进TBtools，ORF Prediction——Complete/Partial ORF Predict (Single Mode)，预测开放阅读框

3、注释预测 Softberry

http://www.softberry.com/
http://www.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

右键 Softberry Predict

进入网站复制序列，选择物种，全选结果复制到弹出窗口

4、切除/添加外显子

发现一段基因中间有内含子：右键 SLICE this exon，然后鼠标左右拖动

添加外显子：右键 ADD/INSERT an exon

5、导出.gsaman到.gff3

右键，EXPORT to gff3 File

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