这里是佳奥！多一个工具多一种方法，除了R语言，下游分析的方法还有很多很多。
这里记录一些我使用TBtools的心得。
1 、安装
https://github.com/CJ-Chen/TBtools
2、手册
https://www.yuque.com/cjchen/hirv8i
3、热图
按住Alt水平或竖直方向移动
4、Fasta Tools——Fasta Stats .fq信息统计
5、Fasta Tools——Fasta Extract (Recommended) 根据ID提取序列
每次使用需要点击Initialize初始化
6、Fasta Tools——Sequence Manipulate (Rev&Comp) 对序列进行操作
显示互补、反向、只看ID等
7、Fasta Tools——ID Simplify 简化基因ID
8、ORF Prediction——Batch Translate CDS to Protein 根据CDS预测蛋白序列
Input/Output
9、ORF Prediction——Complete/Partial ORF Predict (Single Mode) 翻译序列，单一序列
10、GFF3/GTF Manipulate——Gtf/Gff3 Sequence Extract 提取序列
Feature Tag：选取特征，CDS，exon，protein等
Up Stream Bases：选取上游2000bp序列提取
Retain Only UpStream or DownStream Bases：只保留上下游序列
11、BLAST GUI Wrapper——Blast Zone 本地比对
11.1 NCBI Genome下载参考基因组
比如拟南芥的：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/4
Arabidopsis thaliana (thale cress) Reference genome: Arabidopsis thaliana (assembly TAIR10.1)
[下载这里]Download sequences in FASTA format for genome, transcript, protein
Download genome annotation in GFF, GenBank or tabular format BLAST against Arabidopsis thaliana genome, transcript, protein
下载基因组和蛋白组文件
左下config设置路径
+添加文件
-删除文件
11.2 本地比对
选择基因.fa序列
Paste Input/File Input
Output需要给文件命名：D:/TBtools/Result/1
选择左侧数据库，Start
可视化 Visulize——Alignment Shower
根据ID找序列：右键数据库 Fetch Sequences
一键建树 Build a Phylo Tree
12、BLAST GUI Wrapper——Several Sequences to a Big File [Commonly Used] 序列比对参考基因组
Outfmt：Pairwise或默认值BlastXML
Visualize：可视化结果
13、BLAST XML Visualize——Alignment View 比对XML格式文件
14、BLAST XML Visualize——Pileup Graph 检测高通量数据覆盖率
15、Gene Ontology——GO Enrichment 富集分析
需要：
go-basic.obo文件
注释Background文件 一列基因ID，一列GO号
DEG差异基因列表
得到excel输出文件
16、Common Tools——Enrichment Bar Plot GO/KEGG结果可视化
需要：
GO.Enrichment.final.xls
其他软件得到的结果：Other
17、HeatMap llustrator——HeatMap 热图绘制
参数很多，多尝试
还可添加行、列的group名
叠加热图：右键Panel Editor——Copy Panel——Paste Panel
18、HeatMap llustrator——Super HeatMap Browser——eFP Browser 热图叠加在解剖图上
19、Venn and Upset Plot——Venn (Up to Six Sets) 韦恩图
输入.ids文件
Region Overlap Mode：查看区间之间交集
20、Venn and Upset Plot——UpSet Plot (Up to Any Sets)
21、Venn and Upset Plot——UpSet Plot (Batch) 直接拖入文件做交集
22、Advanced Circos
需要：
染色体长度文件：Chr1 23000 可用Fasta state提取染色体长度
Discrete Color Scheme Generator：输入染色体长度文件，制作染色体着色文件
LinkRegion文件：共线性分析 Chr1 59560 63890 Chr1 26217 27221 240,240,240,1.0CRLF
GenePos文件：Chr1 ARF3 59560 63890 240,240,240CRLF
GeneDensity文件：Chr1 0 10000 26 绘制成基因密度热图/线条/柱形图
QTLs文件：定位
HighLight文件：标注，调整透明度
调整LinkPos
