【TBtools 使用记录】

这里是佳奥！多一个工具多一种方法，除了R语言，下游分析的方法还有很多很多。

这里记录一些我使用TBtools的心得。

1 、安装

https://github.com/CJ-Chen/TBtools

2、手册

https://www.yuque.com/cjchen/hirv8i

3、热图

按住Alt水平或竖直方向移动

4、Fasta Tools——Fasta Stats .fq信息统计

5、Fasta Tools——Fasta Extract (Recommended) 根据ID提取序列

每次使用需要点击Initialize初始化

6、Fasta Tools——Sequence Manipulate (Rev&Comp) 对序列进行操作

显示互补、反向、只看ID等

7、Fasta Tools——ID Simplify 简化基因ID

8、ORF Prediction——Batch Translate CDS to Protein 根据CDS预测蛋白序列

Input/Output

9、ORF Prediction——Complete/Partial ORF Predict (Single Mode) 翻译序列，单一序列

10、GFF3/GTF Manipulate——Gtf/Gff3 Sequence Extract 提取序列

Feature Tag：选取特征，CDS，exon，protein等

Up Stream Bases：选取上游2000bp序列提取

Retain Only UpStream or DownStream Bases：只保留上下游序列

11、BLAST GUI Wrapper——Blast Zone 本地比对

11.1 NCBI Genome下载参考基因组

比如拟南芥的：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/4

Arabidopsis thaliana (thale cress) Reference genome: Arabidopsis thaliana (assembly TAIR10.1)
[下载这里]Download sequences in FASTA format for genome, transcript, protein
Download genome annotation in GFF, GenBank or tabular format BLAST against Arabidopsis thaliana genome, transcript, protein

下载基因组和蛋白组文件

左下config设置路径

+添加文件

-删除文件

11.2 本地比对

选择基因.fa序列

Paste Input/File Input

Output需要给文件命名：D:/TBtools/Result/1

选择左侧数据库，Start

可视化 Visulize——Alignment Shower

根据ID找序列：右键数据库 Fetch Sequences

一键建树 Build a Phylo Tree

12、BLAST GUI Wrapper——Several Sequences to a Big File [Commonly Used] 序列比对参考基因组

Outfmt：Pairwise或默认值BlastXML

Visualize：可视化结果

13、BLAST XML Visualize——Alignment View 比对XML格式文件

14、BLAST XML Visualize——Pileup Graph 检测高通量数据覆盖率

15、Gene Ontology——GO Enrichment 富集分析

需要：

go-basic.obo文件

注释Background文件一列基因ID，一列GO号

DEG差异基因列表

得到excel输出文件

16、Common Tools——Enrichment Bar Plot GO/KEGG结果可视化

需要：

GO.Enrichment.final.xls

其他软件得到的结果：Other

17、HeatMap llustrator——HeatMap 热图绘制

参数很多，多尝试

还可添加行、列的group名

叠加热图：右键Panel Editor——Copy Panel——Paste Panel

18、HeatMap llustrator——Super HeatMap Browser——eFP Browser 热图叠加在解剖图上

19、Venn and Upset Plot——Venn (Up to Six Sets) 韦恩图

输入.ids文件

Region Overlap Mode：查看区间之间交集

20、Venn and Upset Plot——UpSet Plot (Up to Any Sets)

21、Venn and Upset Plot——UpSet Plot (Batch) 直接拖入文件做交集

22、Advanced Circos