转录本的bed文件下载

从UCSC下载的ref.bed:

mammal-mouse-GRCm38/mm10-genes and gene predictions-gencode XX-basic-genome-BED-gzip-gte output

一共下载了5个files:

大小

du

行数:

wc

head:

一样

# 验证下bed是否和ensembl搭配:

选择3个转录本
1-ok
2-ok
3-ok
随机1
随机2

结论:与ensembl相同

后来注意到:

选择全面看看
在UCSC中下载
查看

结论:comprehensive比basic全面,更多!

去掉id后的版本号:

awk 'BEGIN{OFS="\t"} {gsub(/.[0-9]$/,"",$4); print $0}' mm10.gencode-vm18.compre.bed > mm10.gencode-vm18.compre.fine.bed

## geneid和genename关系下载:

第一步
第二步

点击get output:

good!


法二:

RSeQC网站下载:https://sourceforge.net/projects/rseqc/files/

下载ref:RseQC的bedfiles下载 - 简书

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