2022-11-30 seurat如何复现文章数据

  1. 从文章中下载的数据往往是一个表达矩阵和metadata.txt，如何使用这两个数据呢？
  • 读入表达矩阵，创建seurat对象
    nature<-readRDS("counts.Rds")
    nature <- CreateSeuratObject(counts = nature,min.cells = 3, min.features = 200)
  • 添加metadata
    meta<-read.table("meta.txt")
    nature=AddMetaData(nature,metadata = meta)
    如果要删除某一列metadata，则
    nature@metadata$cell_type = NULL
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明：文章内容（如有图片或视频亦包括在内）由作者上传并发布，文章内容仅代表作者本人观点，简书系信息发布平台，仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容