发简信
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以术治病，何以医心？
管的病人中一个46岁的中年女人，右前臂和头皮处各有一处包块，我一开始很疑惑，从他的检查报告来看，包块的性质其实定期检查就可以，但是这个病人坚持要...
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骨关节炎——衰老和骨关节炎1前言 全球寿命的增加反过来又增加了骨关节炎的患病率，而骨关节炎是目前最常见的关节炎类型。骨关节炎期间，位于关节关节上的软骨组织会腐蚀，从而引起疼...
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完整的单细胞分析流程——特征（基因）选择
背景 我们经常在探索性分析中使用scRNA-seq数据来表征细胞间的异质性。诸如聚类和降维之类的过程会根据细胞的基因表达谱对细胞进行比较，这涉及...
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完整的单细胞分析流程——数据标化（normalization）
动机 通常在单细胞RNA测序数据中观察到文库之间测序覆盖率的系统差异。它们通常是由细胞间的cDNA捕获或PCR扩增效率方面的技术差异引起的，这归...
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完整的单细胞分析通用流程——质控质控 scRNA-seq数据中的低质量文库可能有多种来源，例如解离过程中的细胞损伤或文库制备失败（例如无效的逆转录或PCR扩增）。这些通常表现为...
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完整的单细胞分析通用流程——从数据到可视化概述 本章概述了典型的scRNA-seq分析工作流程的框架（图1）。 随后将更详细地描述每个分析步骤。 实验设计 在开始分析本身之前，对实验设计...
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完整的单细胞分析流程——理解你的单细胞分析之数据结构背景介绍 Bioconductor项目的主要优势之一在于使用通用数据基础结构，该数据基础结构可实现跨越R包的相互操作性。 用户应该能够使用来自不...
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反卷积法推断bulk RNA数据中的细胞组成
整体思路：细胞相互作用的复杂网络支配免疫系统与肿瘤细胞之间的互动，了解实体瘤的特定免疫细胞组成，对于预测患者对免疫疗法有何反应显得至关重要。在这...
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clusterProfiler花式用法
Chapter 3 Universal enrichment analysis clusterProfiler supports both hy...