零基础学生信入门笔记(R语言、Linux、Python、RNA-seq、单细胞测序、质谱流式、TCGA、GEO、单细胞经典文献解读)

医学生零基础学生信是先学Python还是先学R语言？
如何学习R语言

linux入门学习笔记100篇

不止100篇，但上手上游分析远远不够，可以作为入门参考。
linux学习100篇1：xshell、Xftp下载安装 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇2：绑定Xftp和XShell上传和下载文件 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇3：Error in open.connection(3L, "rb") 换个时间点就打开了 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇4：在服务器中使用R--RStudio Server在windows 10上安装Linux版Rstudio？ - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇5：linux如何进入R - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇6：设置清华镜像和安装miniconda3 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇7：设置环境 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇8：ERROR: configuration failed for package 'curl' - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇9：Seurat安装1 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇10：使用清华镜像设置 - 简书 (jianshu.com)

linux学习100篇11：install.packages('ggplot2') - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇12:Linux安装R以及依赖库出现的一些问题及解决方法 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇13:安装clusterProfiler - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇14:安装org.Mm.eg.db - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇15:安装org.Hs.eg.db - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇16:Error in open.connection(10L, "rb") :Connection timed out after 10004 milliseconds - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇17：修改字体颜色 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇18：xshell设置字体 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇19：设置复制粘贴方式 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇20：上传文件到服务器并查看 - 简书 (jianshu.com)

linux学习100篇21：Rstudio Server的安装和使用（附常见问题） - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇22:linux安装R包的安装 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇23:install.packages("plotly") - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇24: ？install.packages("uwot") - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇25: linux -R包安装--Seurat - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇26: R-studio 更新包出现error：failed to lock directory解决方法 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇27:Linux入门背景知识 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇28:删除00LOCK-RSpectra - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇29:安装RSpectra - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇30:安装uwot - 简书 (jianshu.com)

linux学习100篇31:删除目录 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇32:如何在rstudio sever打开上传到服务器的文件 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇33：linux 里的系统文件默认在哪里放？ - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇34：转录组分析用软件及安装mutiqc - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇35：转录组分析用软件及安装fastp - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇36：转录组分析用软件及安装sra-tools - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇37：转录组分析用软件及安装samtools - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇38：转录组分析用软件及安装salmon - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇39：转录组分析用软件及安装trim-galore - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇40：转录组分析用软件及安装featureCounts - 简书 (jianshu.com)

linux学习100篇41：删除一个空目录 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇42:linux命令格式 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇43：文件和文件夹常用命令 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇44：cd .. 到上一级目录 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇45：linux的一些默认快捷符号 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇46：绝对路径和相对路径 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇47：常用快捷键 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇48：cd命令常见用法 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇49：ls命令常见用法 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇50：文件权限设定 - 简书 (jianshu.com)

linux学习100篇51：正则表达式：元字符 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇52：创建文件夹，文件 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇53：Ubuntu 安装tree及用法 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇54：touch 新建文件 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇55：复制粘贴 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇56：文件移动删除重命名 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇57：tree -L 1 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇58：rm -r可以删除文件夹 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇59：创建软连接 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇60：tar压缩解压缩文件 - 简书 (jianshu.com)

linux学习100篇61：光标处打字是输入在后面 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇62：head tail less - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇63：wc统计文本 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇64：cut:文本切割 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇65：sort排序 - 简书 (jianshu.com)

linux学习100篇101：转录组分析用软件及安装subread - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇102：conda search fastqc - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇103：conda list - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇104：conda list fast* - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇105：查看指定环境的软件conda list -n rnaseq - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇106：查看conda版本conda -V - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇107：conda常用命令 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇108：安装 manba - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇109：mamba search fastp - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇110：mamba 删除软件mamba remove -n rnaseq fastqc - 简书 (jianshu.com)

linux学习100篇111：mamba安装软件mamba install -y fastqc - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇112：查看安装的软件之间的依赖关系 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇113：环境变量 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇114：环境变量echo $PATH - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇115：其他软件安装方式 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇116:bget ：一个优雅地下载 OA 文献和附件的命令行工具 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇117:hisat2二进制安装 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇118:samtools源代码安装 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇119:linux文件系统结构 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇120:确认安装了java及安装java 编译的软件 - 简书 (jianshu.com)

linux学习100篇121:reboot重启系统 - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇122:apt-get install htop 来安装 htop - 简书 (jianshu.com)
linux学习100篇123:变量 - 简书 (jianshu.com)

单细胞测序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程

Seurat4.0系列教程1：标准流程 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程2：多模式数据联合分析 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程3：合并两个样品的10x数据集 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程4：整合分析 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程5：交互技巧 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程6：常用命令 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程7：数据可视化方法 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程8：细胞周期评分和回归分析 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程9：差异表达检测 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程10：降维 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程11：使用sctransform - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程12：大数据集整合的方法 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程13：使用互惠 PCA （RPCA） 快速整合数据 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程14：整合scRNA-seq and scATAC-seq数据 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程15：映射和注释查询数据集 - 简书 (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程16：多模式参考映射注释细胞 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程17：Mixscape - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程18：Weighted Nearest Neighbor Analysis（WNN)） - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程19：多线程并行策略 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程20：单细胞对象的格式转换 - 简书 (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程21： 结合Cell Hashing分析双细胞 - 简书 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程22：空间转录组的分析、可视化与整合 - 简书 (jianshu.com)

单细胞108篇文献解读

单细胞108篇文献解读之1---Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment - 简书 (jianshu.com)
单细胞108篇文献解读之2---Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibrob... - 简书 (jianshu.com)
单细胞108篇文献解读之3---A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer - 简书 (jianshu.com)
单细胞108篇文献解读之4---Single-cell RNA sequencing reveals the tumor microenvironment and facilitates str... - 简书 (jianshu.com)
单细胞108篇文献解读之5---Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss
单细胞108篇文献解读之7---Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated ... - 简书 (jianshu.com)
[单细胞108篇文献解读之8---Cell differentiation trajectory predicts patient potential immunotherapy response](https://www.jianshu.com/p/92f266700c09）
单细胞108篇文献解读之9---Single-cell analysis reveals transcriptomic remodellings in distinct cell types t... - 简书 (jianshu.com)
单细胞108篇文献解读之10---Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat - 简书 (jianshu.com)

单细胞108篇文献解读之11---SCENIC: 单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类 - 简书 (jianshu.com)
单细胞108篇文献解读之12---Promotion of cholangiocarcinoma growth by diverse cancer-associated fibroblast s... - 简书 (jianshu.com)
单细胞108篇文献解读之13---Cross-tissue organization of the fibroblast lineage - 简书 (jianshu.com)
单细胞108篇文献解读之14---A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer - 简书 (jianshu.com)

R语言

R语言学习.1-R安装及向量介绍 - 简书 (jianshu.com)
R包安装设置清华镜像的三种方法 - 简书 (jianshu.com)
R语言学习.2/3-数据类型 - 简书 (jianshu.com)
R语言学习.4-R包 - 简书 (jianshu.com)
R语言学习4.1_包的安装_tidyverse - 简书 (jianshu.com)
R语言学习.5-数据读写 - 简书 (jianshu.com)
R语言学习.6---绘图 - 简书 (jianshu.com)
R语言学习6.1---ggplot绘图 - 简书 (jianshu.com)
R语言学习7.1----stringr处理字符串 - 简书 (jianshu.com)

R数据科学

GEO

数据挖掘学习---GEO 数据库简介 - 简书 (jianshu.com)

GEO数据挖掘--下载数据的3种方式 - 简书 (jianshu.com)

GEO数据挖掘之绘制PCA热图和差异基因火山图 - 简书 (jianshu.com)
GEO数据挖掘之使用clusterProfiler进行GO/KEGG富集分析 - 简书 (jianshu.com)
GEO数据挖掘入门---使用pheatmap绘制分组聚类热图 - 简书 (jianshu.com)

TCGA

RNA-seq

sra与fastq数据简介及下载 - 简书 (jianshu.com)

外显子

全外显子组测序技术WES简介及结题报告解读 - 简书 (jianshu.com)

python

《利用Python进行数据分析·第2版》第1章 准备工作 - 简书 (jianshu.com)
《利用Python进行数据分析·第2版》第2章 Python语法基础，IPython和Jupyter Notebooks - 简书 (jianshu.com)

质谱流式

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