1. 下载 / 训练 物种注释分类器
wget -O "gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza" \
"https://data.qiime2.org/2019.4/common/gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza"
或者
wget -c \
https://s3-us-west-2.amazonaws.com/qiime2-data/2020.8/common/gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza
2.物种注释
time qiime feature-classifier classify-sklearn \
--i-classifier ../gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza \
--i-reads rep-seqs-dada2.qza \
--o-classification taxonomy.qza
gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza:物种注释分类器
taxonomy.qza: 物种注释结果。
3.可视化
qiime metadata tabulate \
--m-input-file taxonomy.qza \
--o-visualization taxonomy.qzv
taxonomy.qzv.PNG
4.可视化
接下来，我们可以用交互式条形图查看样本的分类组成。
使用以下命令绘图堆叠柱状图，然后打开查看。
qiime taxa barplot \
--i-table table.qza \
--i-taxonomy taxonomy.qza \
--m-metadata-file sample-metadata.tsv \
--o-visualization taxa-bar-plots.qzv
taxa-bar-plots.qzv: 交互式物种组成堆叠柱状图
taxa-bar-plots.qzv.PNG
