绘出后的图如下:
首先设立一个工作文件夹,里面放代码与数据输入文件,如图
#设置工作目录
setwd("C:\\Users\\Qptdada\\OneDrive\\桌面\\bioplot\\01.barplotStat条形图统计")
#读取输入文件
rt=read.table("input.txt", header=T, sep="\t",comment.char = "", check.names =FALSE)
tb=table(c(as.vector(rt[,1]),as.vector(rt[,2]))) #对两列进行统计
#tb=table(as.vector(rt[,1])) #对一列进行统计//不用的代码加#
tb=sort(tb,decreasing =T) #频率高的排前面
#输入每个基因的邻接点节点数目
outTab=as.data.frame(tb)
colnames(outTab)=c("Gene","Count")
write.table(outTab,file="statResult.xls",sep="\t",quote=F,row.names=F)
#定义柱状图显示基因数目
showNum=30
if(nrow(tb)<showNum){
showNum=nrow(outTab)
}
n=as.matrix(tb)[1:showNum,]
#绘制柱状图
pdf(file="barplot.pdf",width=7,height=6)
par(mar=c(5,7,2,3),xpd=T)
bar=barplot(n,horiz=TRUE,col="skyblue",names=FALSE,xlim=c(0,ceiling(max(n)/5)*5),xlab="Number of adjacent nodes")
text(x=n*0.95,y=bar,n)
text(x=-0.2,y=bar,label=names(n),xpd=T,pos=2)
dev.off()
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下面有演示代码和演示用的数据文件
链接:https://pan.baidu.com/s/1ku50aLOBvE67c1EKSecoNw
提取码:cnxf
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