随着分子进化与系统发育研究的快速发展，对高效、准确的软件工具需求日益增加。2024年12月10日，备受瞩目的MEGA软件迎来了最新版本——MEGA12！相关文章于当日上线bioRxiv。文中描述，MEGA12版本不仅在计算效率上有了显著提升，还引入了创新的功能，助力科研工作者更快、更精准地完成系统发育分析。
主要新特点如下：
1. 计算效率的大飞跃
在分子系统发育学中，模型选择和最大似然法（ML）分析是必不可少的环节，但其耗时长、计算资源占用大。
MEGA12引入了一种启发式方法，通过早期筛除“次优”替代模型，减少不必要的计算，同时保证了结果的准确性。
- 实测结果表明，启发式筛选功能可以将计算时间缩短70%！
- 尤其在分析大数据集和复杂模型时，速度提升更加显著。
这无疑大大降低了计算成本，也间接减少了碳排放，为绿色科研做出贡献。
2. 全新的功能亮点：识别易碎分支与精确定位
MEGA12整合了新的DrPhylo应用程序，可在大规模系统发育树中识别出易碎分支（fragile clades）*及其相关序列。这对*系统发育基因组学**研究具有重要意义，帮助研究者快速定位潜在问题，提高分析可靠性。
同时，用户可通过Tree Explorer界面直观地查看和处理进化树，为复杂的树状图分析提供便利。
3. 更强大的并行计算与可视化体验
- MEGA12针对最大似然法分析引入了细粒度并行化，让软件充分利用多核计算资源，加速数据处理。
- 支持高分辨率显示器，界面清晰、功能直观，用户体验得到全面优化。
4. 适用场景广泛，满足多种需求
MEGA12继承了MEGA系列强大的多功能性，支持包括：
- 模型选择：快速筛选最优核苷酸/氨基酸替代模型；
- 系统发育树构建：ML、最大简约法（MP）、贝叶斯等多种方法；
- 祖先序列重建、序列分歧时间估算等。
无论是简单的分子序列分析，还是复杂的进化树推断，MEGA12都能提供强有力的支持。
免费下载，体验全新功能
目前，MEGA12的Beta版已上线，可从官方网站免费下载并试用：
👉 https://www.megasoftware.net/beta_download
与之前的教程下载不同，该版本下载无需输入任何信息，点击直接下载。
同时MEGA11正式版的下载仍然可以通过官网下载，可以参考我们之前推送的文章。
总结
MEGA12在保证计算结果精确性的前提下，大幅缩短了计算时间，并集成了智能化的分支识别工具。对于从事分子进化、系统发育等研究的科学家和学生而言，MEGA12无疑是一个高效、强大且易用的利器！
参考：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.10.627672v1
