RepeatMasker配置：

1、TRF

TRF（Tandem Repeats Finder）在RepeatMasker安装前必需要提前配置好，这个可以使用conda直接安装。

conda install TRF

2、序列搜索引擎（4选1即可）

RepeatMasker需要序列搜索引擎，以实现输入基因组序列和参考库中序列的比对，在RepeatMasker安装前必需要提前配置好。RepeatMasker主要通过以下4种工具实现序列比对功能，CrossMatch、RMBlast、ABBlast、HMMER，因此我们需要从中至少选1个。
选择了RMBlast，(是一堆blast的程序)，这个也可以使用conda直接安装。

conda install RMBlast

记得放到环境里面

3、RepeatMasker

可以conda安装

conda install RepeatMasker

也可手动安装。
前两个工具配置好后，正式安装RepeatMasker

wget http://www.repeatmasker.org/RepeatMasker-open-4-0-6.tar.gz
tar xzvf RepeatMasker-open-4-0-6.tar.gz
cd RepeatMasker
chmod -R 755 *
./configure　　　＃执行后，根据提示信息一步步来。

（1）首先是perl环境，默认自动检测，或者手动更改perl主程序路径后回车继续。

image.png

（2）然后是TRF，默认自动检测，或者手动更改TRF主程序所在路径后（可通过which trf获取，找到trf所在的位置，pwd打印目录），回车继续。

image.png

再然后是序列搜索引擎，因为刚才安装的是RMBlast，所以我们这里选择2。然后在接下来的新界面中，将RMBlast主程序所在路径输入后（可通过which rpsblast获取，比方说我conda安装的rpsblast程序所在“/home/my/software/Miniconda3/bin”），回车返回主界面后，再选择5，就完成了。

image.png

你也可以指定多种序列搜索引擎后，再选择5，不过实际运行时，一次只能选择一种序列比对方式。

image.png

RepeatMasker提示安装完成后，最后配置环境变量。

#例如，我的RepeatMasker安装路径是在“/home/my/software/RepeatMasker”
export PATH=/home/my/software/RepeatMasker:$PATH
 
#这时候没啥问题的话应该可以看到帮助界面了
RepeatMasker -h

image.png

如果提示有perl模块未配置好，通过cpan命令安装相应的perl模块即可。

出现报错

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如果反复提示以下关于“Text::Soundex module”模块的错误（即便你这个perl模块确实安装好了），建议将perl环境更改为/usr/bin下的perl（对，不建议使用conda中的perl），并sudo cpan重新安装该模块后，再重新安装RepeatMasker（安装时指定系统/usr/bin下的perl），就解决了。

4、数据库文件（Repbase）

Repbase，是遗传信息研究所发布的重复DNA数据库，收录了非常多的物种基因组的重复序列信息。在这里，我们将通过它对自己的物种基因组的重复序列进行检测。

登录REPBASE数据库（https://www.girinst.org/server/RepBase/index.php），需注册才能下载，非营利性组织可以免费使用，人工审批，需要等待1-2天时间。在官网上直接下载的肯定是最新版的。

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